Well, that is not exactly what I meant but anyways, is this what you are trying to do?
library(tidyverse)
sample_df <- tribble(~Institution, ~IBGE.Code, ~Account, ~Value,
"Prefeitura Municipal de Bonfinopolis - GO", 5203559L, "12 - Educacao", 568195416,
"Prefeitura Municipal de Bonfinopolis - GO", 5203559L, "12.364 - Ensino Superior", 8291,
"Prefeitura Municipal de Sao Jose do Hortencio - RS", 4318481L, "12 - Educacao", 464725659,
"Prefeitura Municipal de Sao Jose do Hortencio - RS", 4318481L, "12.364 - Ensino Superior", 7940899,
"Prefeitura Municipal de Coqueiro Baixo - RS", 4305835L, "12 - Educacao", 262883731,
"Prefeitura Municipal de Coqueiro Baixo - RS", 4305835L, "12.364 - Ensino Superior", 1037466,
"Prefeitura Municipal de Cruzeiro do Sul - RS", 4306205L, "12 - Educacao", 89843484,
"Prefeitura Municipal de Planalto - PR", 4119806L, "12 - Educacao", 872323295,
"Prefeitura Municipal de Planalto - PR", 4119806L, "12.364 - Ensino Superior", 11288845,
"Prefeitura Municipal de Santo Antonio das Missoes - RS", 4317707L, "12 - Educacao", 945573686,
"Prefeitura Municipal de Doutor Ricardo - RS", 4306759L, "12 - Educacao", 268365105,
"Prefeitura Municipal de Doutor Ricardo - RS", 4306759L, "12.364 - Ensino Superior", 432934,
"Prefeitura Municipal de Barao - RS", 4301651L, "12 - Educacao", 568133091,
"Prefeitura Municipal de Barao - RS", 4301651L, "12.364 - Ensino Superior", 29224727,
"Prefeitura Municipal de Relvado - RS", 4315453L, "12 - Educacao", 20782943,
"Prefeitura Municipal de Relvado - RS", 4315453L, "12.364 - Ensino Superior", 833856,
"Prefeitura Municipal de Barra Funda - RS", 4301958L, "12 - Educacao", 319011753,
"Prefeitura Municipal de Barra Funda - RS", 4301958L, "12.364 - Ensino Superior", 952447,
"Prefeitura Municipal de Monte Belo do Sul - RS", 4312385L, "12 - Educacao", 311257417,
"Prefeitura Municipal de Monte Belo do Sul - RS", 4312385L, "12.364 - Ensino Superior", 17407447)
sample_df %>%
spread(Account, Value) %>%
mutate(`12.364 - Ensino Superior` = replace_na(`12.364 - Ensino Superior`, 0),
substraction = `12 - Educacao` - `12.364 - Ensino Superior`)
#> # A tibble: 11 x 5
#> Institution IBGE.Code `12 - Educacao` `12.364 - Ensino… substraction
#> <chr> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
#> 1 Prefeitura Municipa… 4301651 568133091 29224727 538908364
#> 2 Prefeitura Municipa… 4301958 319011753 952447 318059306
#> 3 Prefeitura Municipa… 5203559 568195416 8291 568187125
#> 4 Prefeitura Municipa… 4305835 262883731 1037466 261846265
#> 5 Prefeitura Municipa… 4306205 89843484 0 89843484
#> 6 Prefeitura Municipa… 4306759 268365105 432934 267932171
#> 7 Prefeitura Municipa… 4312385 311257417 17407447 293849970
#> 8 Prefeitura Municipa… 4119806 872323295 11288845 861034450
#> 9 Prefeitura Municipa… 4315453 20782943 833856 19949087
#> 10 Prefeitura Municipa… 4317707 945573686 0 945573686
#> 11 Prefeitura Municipa… 4318481 464725659 7940899 456784760
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