Hello,
I am hoping someone can help me with what seems a simple problem. This may be data-setup issue.
I have biological data (species counts) from an experiment I am trying to analyze with ANOVA. Six treatments, five replicates per treatment.
I converted data from wide to long, so now I have nine columns: Order, Family, taxa, combined DO, vel raceway, block, and tally (counts).
I have 2,560 rows of data. I am including the first 150 rows. Most of the data are "NA", because I did not find the species of concern. I omitted these rows in this example. Here are the data:
tibble::tribble(
~Order, ~Family, ~taxa, ~combined, ~DO, ~vel, ~raceway, ~block, ~tally,
"Cnidaria", "Hydridae", "Hydra sp.", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "10", "3", 1L,
"Nematoda", "Nematoda", "Nematoda", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 1L,
"Nematoda", "Nematoda", "Nematoda", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "8", "3", 3L,
"Ectoprocta", "Plumatellidae", "Plumatella sp.", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "10", "3", 1L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "1", "1", 6L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "1", "1", 38L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 12L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 54L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "3", "1", 3L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "4", "1", 4L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 11L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "5", "2", 1L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "5", "2", 159L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "6", "2", 2L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "6", "2", 22L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "7", "2", 13L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "7", "2", 5L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "8", "3", 14L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "8", "3", 109L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "9", "3", 1L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "9", "3", 4L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "10", "3", 2L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "10", "3", 126L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "11", "3", 5L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "12", "4", 58L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "13", "4", 23L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "16", "4", 5L,
"Oligochaeta", "Oligochaeta", "Oligochaeta Oligochaeta", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "16", "4", 1L,
"Gastropoda", "Physidae", "Physa sp.", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 3L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Ferrissia sp.", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "3", "1", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Hebetancylus excentricus", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Laevapex fuscus", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "2", "1", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Laevapex fuscus", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Laevapex fuscus", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "5", "2", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Laevapex fuscus", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "11", "3", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Micromenetus dilatatus", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 2L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Micromenetus dilatatus", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "5", "2", 1L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Planorbella sp.", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 2L,
"Gastropoda", "Planorbidae", "Planorbella sp.", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "7", "2", 1L,
"Acari", "Arrenuridae", "Arrenurus sp.", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 1L,
"Amphipoda", "Hyalellidae", "Hyalella azteca complex", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 1L,
"Amphipoda", "Hyalellidae", "Hyalella azteca complex", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "7", "2", 6L,
"Amphipoda", "Hyalellidae", "Hyalella azteca complex", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "8", "3", 1L,
"Amphipoda", "Hyalellidae", "Hyalella azteca complex", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "8", "3", 5L,
"Isopoda", "Asellidae", "Caecidotea sp.", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "8", "3", 1L,
"Isopoda", "Asellidae", "Caecidotea sp.", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "10", "3", 1L,
"Decapoda", "Cambaridae", "Decapoda", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "4", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "3", "1", 4L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 4L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "8", "3", 1L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "8", "3", 1L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "9", "3", 1L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "11", "3", 2L,
"Ephemeroptera", "Baetidae", "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "15", "4", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "1", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "1", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "2", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 4L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "5", "2", 4L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "7", "2", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "8", "3", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "8", "3", 17L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "9", "3", 5L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "11", "3", 2L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "14", "4", 1L,
"Ephemeroptera", "Caenidae", "Caenis diminuta", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "14", "4", 1L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "2", "1", 1L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 9L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 6L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "3", "1", 32L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "4", "1", 12L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 21L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "7", "2", 2L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "7", "2", 5L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "8", "3", 13L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "9", "3", 8L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "9", "3", 27L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "11", "3", 15L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "11", "3", 6L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "12", "4", 4L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "15", "4", 5L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "15", "4", 9L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "16", "4", 9L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Maccaffertium exiguum", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "16", "4", 23L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "1", "1", 2L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "1", "1", 8L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "2", "1", 17L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "2", "1", 8L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "3", "1", 8L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "MedDO_HighVel", "MedDO", "HighVel", "3", "1", 32L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "HighDO_LowVel", "HighDO", "LowVel", "4", "1", 7L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel", "4", "1", 26L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "5", "2", 1L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "5", "2", 6L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "LowDO_LowVel", "LowDO", "LowVel", "6", "2", 2L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "LowDO_HighVel", "LowDO", "HighVel", "6", "2", 1L,
"Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "MedDO_LowVel", "MedDO", "LowVel", "7", "2", 2L
)
#> # A tibble: 100 x 9
#> Order Family taxa combined DO vel raceway block tally
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <int>
#> 1 Cnidaria Hydridae Hydra sp. LowDO_Hi~ LowDO High~ 10 3 1
#> 2 Nematoda Nematoda Nematoda MedDO_Lo~ MedDO LowV~ 3 1 1
#> 3 Nematoda Nematoda Nematoda HighDO_H~ High~ High~ 8 3 3
#> 4 Ectoprocta Plumatellidae Plumatel~ LowDO_Lo~ LowDO LowV~ 10 3 1
#> 5 Oligochaeta Oligochaeta Oligocha~ LowDO_Lo~ LowDO LowV~ 1 1 6
#> 6 Oligochaeta Oligochaeta Oligocha~ LowDO_Hi~ LowDO High~ 1 1 38
#> 7 Oligochaeta Oligochaeta Oligocha~ HighDO_H~ High~ High~ 2 1 12
#> 8 Oligochaeta Oligochaeta Oligocha~ MedDO_Lo~ MedDO LowV~ 3 1 54
#> 9 Oligochaeta Oligochaeta Oligocha~ MedDO_Hi~ MedDO High~ 3 1 3
#> 10 Oligochaeta Oligochaeta Oligocha~ HighDO_L~ High~ LowV~ 4 1 4
#> # ... with 90 more rows
Created on 2022-01-12 by the reprex package (v2.0.1)
I ultimately want to compare DO (3 levels) and vel (2 levels) and their interaction in standard ANOVA. Responses include: total number of taxa, total number of individuals, and some of the Orders.
My first step is to calculate total number of individuals and total taxa per treatment.
But I also want by Order, Family and taxa, as well. So, I first summed the counts by Order ("tally") for each treatment:
df_sum <- macros_final %>%
group_by(Order, DO, vel, combined) %>%
summarise(total = sum(tally))
#> Error in macros_final %>% group_by(Order, DO, vel, combined) %>% summarise(total = sum(tally)): could not find function "%>%"
Created on 2022-01-11 by the reprex package (v2.0.1)
This appears to work OK--I have total counts, by Order per replicate (rows).
However, I cant seem to do a count of >0 to calculate taxa richness: i get only "1" with this code:
tr <- df_sum %>%
group_by(Order, DO, vel) %>%
summarise(taxa.richness = n()) %>%
ungroup %>%
arrange(-taxa.richness)
#> Error in df_sum %>% group_by(Order, DO, vel) %>% summarise(taxa.richness = n()) %>% : could not find function "%>%"
tr
#> Error in eval(expr, envir, enclos): object 'tr' not found
Created on 2022-01-11 by the reprex package (v2.0.1)
I am sure there is a more efficient way to get both of these values, so I can easily run an ANOVA.
I am stuck here, and I am sure there is a more efficient method.
thanks,
C