Hello,
I have a problem with my Rmd files. When I create a Rmd, I can create bash chunck and I can run the code inside it with the play button or with ctrl+enter whitout any problem. BUT, when I save my Rmd, then I close it and after I open it again all bash chunck are unexecutable, moreover the play button to run the code inside the chunck disappears.
Here my session info :
R version 4.3.3 (2024-02-29)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 22.04.4 LTS
knitr_1.45
An example of Rmd where it appends :
---
title: "Test" # Titre du document
author: "Gaël Gautier" # Auteur du document
date: "`r format(Sys.Date(), '%d %B, %Y')`" # Date du document (formatée)
output:
html_document:
toc: true # Affiche une table des matières
toc_depth: 4 # Niveau de profondeur de la table des matières
toc_float: true # Affiche la table des matières dans une fenêtre flottante
theme: cosmo # Thème du document HTML
highlight: tango # Thème de coloration syntaxique du code
fig_width: 10 # Largeur des figures
fig_height: 6 # Hauteur des figures
code_folding: hide # Cache le code par défaut
code_download: true # Affiche un bouton pour télécharger le code source
fig_caption: true # Affiche les légendes des figures
keep_md: true # Conserve le fichier Markdown intermédiaire
self_contained: true # Inclut toutes les dépendances dans le fichier HTML généré
pdf_document:
toc: true # Affiche une table des matières
toc_depth: 5 # Niveau de profondeur de la table des matières
highlight: zenburn # Thème de coloration syntaxique du code
fig_caption: true # Affiche les légendes des figures
slidy_presentation:
theme: cerulean # Thème de la présentation
highlight: tango # Thème de coloration syntaxique du code
incremental: true # Affiche les listes à puces progressivement
self_contained: true # Inclut toutes les dépendances dans le fichier HTML généré
smaller: true # Réduit la taille de la présentation
widescreen: true # Utilise un format d'écran large
revealjs::revealjs_presentation:
theme: night # Thème de la présentation
transition: none # Effet de transition entre les diapositives
self_contained: true # Inclut toutes les dépendances dans le fichier HTML généré
css: ../../slides.css # Feuille de style personnalisée pour la présentation
beamer_presentation:
theme: Montpellier # Thème de la présentation
colortheme: dolphin # Thème de couleur de la présentation
fonttheme: structurebold # Thème de police de la présentation
slide_level: 2 # Niveau de titre pour les diapositives
toc: true # Affiche une table des matières
highlight: tango # Thème de coloration syntaxique du code
incremental: false # N'affiche pas les listes à puces progressivement
ioslides_presentation:
smaller: true # Réduit la taille de la présentation
widescreen: true # Utilise un format d'écran large
toc: true # Affiche une table des matières
fig_width: 7 # Largeur des figures
fig_height: 6 # Hauteur des figures
highlight: tango # Thème de coloration syntaxique du code
self_contained: true # Inclut toutes les dépendances dans le fichier HTML généré
font-import: http://fonts.googleapis.com/css?family=Risque
start: 06/07/2020
subtitle: Analysis of dataset GENDIR
font-family: Garamond
editor_options:
chunk_output_type: console
transition: linear
---
Test
library(knitr)
options(width = 300)
knitr::opts_chunk$set(
base.dir = ".",
fig.path ="./figures/",
render = ".",
fig.width = 7, fig.height = 5,
#out.width = "80%",
fig.align = "center",
fig.path = "./figures/",
size = "tiny",
echo = TRUE,
eval = TRUE,
warning = FALSE,
message = FALSE,
results = TRUE,
comment = "")
# knitr::asis_output("\\footnotesize")
Environnement
The R environment used for the analysis is available at the end of this document.
rm(list = ls())
set.seed(28758)
# Load required CRAN R libraries
required_cranLib <- c("devtools", "BiocManager",
"tidyverse", "magrittr", "naniar", "ggpubr","ggforce","cowplot","GGally","grid","gridExtra","ggVennDiagram",
"knitr","plink",
"readxl","readr","plinkFile",
"kableExtra","DT",
"ggsci",
"RColorBrewer", "wesanderson", "vioplot","viridis",
"FactoMineR", "factoextra","missMDA","PCAmixdata","sn",
"corrplot", "boot",
"SuperLearner","fitdistrplus","DescTools","statmod",
"arsenal", "forestplot", "epiDisplay", "epitools", "performance", "ordinal",
"RVAideMemoire", "rstatix", "bestNormalize", "effects","StatMatch",
"gprofiler2", "pheatmap","qqman",
"ROCR","ROCit", "pROC", "cutpointr", "OptimalCutpoints")
for (lib in required_cranLib) {
if (!require(lib, character.only = TRUE)) {
install.packages(lib, repos = "https://cloud.r-project.org/")
}
require(lib, character.only = TRUE)
}
rm(lib, required_cranLib)
sessionInfo()
Chunck R
1 + 1
Chunck Bash
ls
Thanks by advance for your helps !
G.