R somehow unable to recognize text in some cells

Hi there,
so I have a dataset from qualtrics with standardized answers being in string format. These study was based on pairwise comparisons with randomized order. So I have always only one of 2 possible answers that can be listed first column and in the second column is shown order how they were displayed e.g. "answer1|answer2". Moreover, these pairwise comparisons are created from 6 statements on average (you take a regular questionnaire and instead of asking participants to respond on Likert scale, you let them pick one of the two statements still). I have 6 questionnaires like this, which means I have around 65/26 columns with the chosen statement and as many columns showing order of the statements. The columns presenting order are in format "statement1|statement2". As you now, I need to transform all those statements into numerical values. As I show you on pictures, I coded each statement in each questionnaire by values from 1 to usually 6. So statements don´t have their unique values across datasets only within the group of comparisons. And here I encountered problem. For some reason, r was able to detect and substitute all values from regular columns, but some columns showing order were either left out completely, or were recoded only partially. And I don´t seem to find the problem. I tried to recode it using different ways but to no avail. I was suspicious that qualtrics could have somehow change the text in those answers but after I inspected the element and copied the answer, it didn´t help at all. It is also important to say, that this happened only within some of the questionnaires. But when I use different ways to recode it, some other part of that data is affected (some strings get recoded when they previously weren´t). But there is still some chunk left, even after couple of methods are performed.

script:
data_order <- read.csv("~/Desktop/Pairwise comparisons_study/Data/Data_W_Order.csv")
data_order <- data_order[-c(1:2),]
data <- data_order[-49,] # second loading of questionnaire w/out data

Define recoding dictionary

recode_map_aut <- c("Můžu se sám/sama rozhodovat, jak chci žít svůj život." = 1,
"Mám pocit, že mě pořád někdo někam tlačí." = 2,
"Můžu volně vyjadřovat své nápady a názory." = 3,
"V běžném životě musím často dělat, co mi druzí řeknou." = 4,
"Lidé, se kterými se běžně potkávám, berou v potaz, jak se cítím." = 5,
"V běžných, každodenních situacích mám pocit, že se nemusím přetvařovat." = 6,
"V běžném životě nemám moc příležitostí rozhodovat, jak chci co dělat." = 7
)

recode_map_hi <- c("Jsem spíš vyšší než muži mého věku." = 1,
"Jsem spíš vyšší než ženy mého věku." = 2,
"Ostatní mě občas žádají, ať jim něco podám, protože jsem vyšší." = 3,
"Slýchávám narážky na to, že jsem vysoký/á." = 4,
"Lidem, kteří na koncertě stojí za mnou, většinou má postava dost brání ve výhledu." = 5,
"Obyčejné postele jsou pro mě příliš krátké." = 6,
"Když chci někoho obejmout, většinou se musím sklonit." = 7,
"Často si musím dávat pozor, abych se neuhodil(a) hlavou např. o nízký strop nebo rám dveří." = 8
)

recode_map_dass <- c("Bylo pro mě těžké se zklidnit." = 1,
"Měl(a) jsem sklon jednat v některých situacích přehnaně." = 2,
"Cítil(a) jsem, že jsem napjatý/á a nervózní." = 3,
"Přistihl(a) jsem se, jak jsem rozrušený/rozrušená." = 4,
"Bylo pro mě těžké relaxovat (odpočívat)." = 5,
"Nesnášel(a) jsem, když mě něco odvádělo od práce (od toho, co právě dělám)." = 6,
"Cítil(a) jsem se docela podrážděně." = 7
)

recode_map_bmpn <- c("K lidem, se kterými trávím čas, zažívám silný pocit blízkosti." = 1,
"Udělal/a jsem nějakou hloupost, po které jsem se cítil/a neschopně." = 2,
"Dařilo se mi i v náročných/obtížných věcech." = 3,
"Někteří lidé mi radili, co bych měl/a dělat." = 4,
"Musel/a jsem dělat věci proti své vůli." = 5
)

recode_map_dem <- c("Demonstranti, kteří neposlouchají policii, by vždy měli být tvrdě potrestáni." = 1,
"Demonstrace a protesty na náměstích by měly probíhat pod přísnější kontrolou." = 2,
"Měli bychom omezit tzv. aktivisty, kteří jen kritizují vládu, ale sami nic nedělají." = 3,
"Pokud si většina občanů nepřeje v naší zemi nějakou menšinu, měla by tato menšina poslechnout a odejít." = 4,
"Menšiny v naší zemi by si neměly příliš vyskakovat, protože v naší zemi rozhoduje většina." = 5
)

recode_map_ders <- c("Když jsem rozrušený/á, těžko věnuji pozornost něčemu jinému." = 1,
"Když jsem rozrušený/á, špatně se soustředím." = 2,
"Když jsem rozrušený/á, jsem celý/á bez sebe." = 3,
"Když jsem rozrušený/á, stěží se dokážu ovládat." = 4,
"Když jsem rozrušený/á, ztrácím kontrolu nad svým chováním." = 5,
"Když jsem rozrušený/á, dělá mi potíže něco dokončit." = 6,
"Když jsem rozrušený/á, jsem z toho podrážděný/á." = 7
)

recode_map_total <- c(recode_map_aut, recode_map_bmpn, recode_map_dass, recode_map_dem, recode_map_ders, recode_map_hi)

Apply transformation across all columns

data <- lapply(data, function(col) {
if (is.character(col)) {
for (key in names(recode_map_total)) {
col <- gsub(key, recode_map_total[key], col)
}
}
return(col)
})