Cuando dices "pasarlo a PDF" supongo que te refieres a que estas trabajando con un documento Rmd, si ese es el caso, no debes incluir comandos de instalación en tu código, sólo necesitas instalar los paquetes en tu sistema una sola vez, no cada vez que ejecutes tu código.
Para ayudarnos a ayudarte, podrías preparar un "Ejemplo Reproducible" (REPREX en ingles) ilustrando tu problema? Un ejemplo reproducible hace que sea mucho más fácil para otros entender tu problema y averiguar como ayudar.
Por favor revisa esta guía para ver como crear uno: