Hi,
till recently I have run RStudio from Anaconda. Now, updating to MX-Linux 19, I got R via apt-get and RStudio from the RStudio download page. Since then I have trouble installing packages - like AER. See the error code below. (It does neither fit my terminal nor the post - so I took the last part).
What can I do? Is there maybe a 'clean' way of setting up R with RStudio such that anything old gets removed and everything that is needed gets installed?
Thanks,
Franz
../inst/include/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:796:41: required from ‘void Eigen::internal::call_assignment(Dst&, const Src&, const Func&, typename Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Src>::value, void*>::type) [with Dst = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; Src = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; Func = Eigen::internal::assign_op<double, double>; typename Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Src>::value, void*>::type = void*]’
../inst/include/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:782:18: required from ‘void Eigen::internal::call_assignment(Dst&, const Src&) [with Dst = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; Src = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>]’
../inst/include/Eigen/src/Core/PlainObjectBase.h:714:32: required from ‘Derived& Eigen::PlainObjectBase<Derived>::_set(const Eigen::DenseBase<OtherDerived>&) [with OtherDerived = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; Derived = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
../inst/include/Eigen/src/Core/Matrix.h:225:24: required from ‘Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>& Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>::operator=(const Eigen::DenseBase<OtherDerived>&) [with OtherDerived = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; _Scalar = double; int _Rows = -1; int _Cols = 1; int _Options = 0; int _MaxRows = -1; int _MaxCols = 1]’
fastLm.cpp:179:55: required from here
../inst/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:55:30: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
In file included from ../inst/include/Eigen/Core:440,
from ../inst/include/Eigen/Dense:1,
from ../inst/include/RcppEigenForward.h:30,
from ../inst/include/RcppEigen.h:25,
from fastLm.h:25,
from fastLm.cpp:23:
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h: In instantiation of ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> >’:
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:99:8: required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> >’
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:681:51: required from ‘struct Eigen::internal::binary_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> >, Eigen::internal::IndexBased, Eigen::internal::IndexBased, double, double>’
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:665:8: required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:349:39: required from ‘class Eigen::internal::redux_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:416:17: required from ‘typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar Eigen::DenseBase<Derived>::redux(const Func&) const [with BinaryOp = Eigen::internal::scalar_sum_op<double, double>; Derived = Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> >; typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar = double]’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:453:73: [ skipping 22 instantiation contexts, use -ftemplate-backtrace-limit=0 to disable ]
../inst/include/Eigen/src/Core/Matrix.h:294:31: required from ‘Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>::Matrix(const T&) [with T = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; _Scalar = double; int _Rows = -1; int _Cols = 1; int _Options = 0; int _MaxRows = -1; int _MaxCols = 1]’
../inst/include/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:796:41: required from ‘void Eigen::internal::call_assignment(Dst&, const Src&, const Func&, typename Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Src>::value, void*>::type) [with Dst = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; Src = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; Func = Eigen::internal::assign_op<double, double>; typename Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Src>::value, void*>::type = void*]’
../inst/include/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:782:18: required from ‘void Eigen::internal::call_assignment(Dst&, const Src&) [with Dst = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; Src = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>]’
../inst/include/Eigen/src/Core/PlainObjectBase.h:714:32: required from ‘Derived& Eigen::PlainObjectBase<Derived>::_set(const Eigen::DenseBase<OtherDerived>&) [with OtherDerived = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; Derived = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
../inst/include/Eigen/src/Core/Matrix.h:225:24: required from ‘Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>& Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>::operator=(const Eigen::DenseBase<OtherDerived>&) [with OtherDerived = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; _Scalar = double; int _Rows = -1; int _Cols = 1; int _Options = 0; int _MaxRows = -1; int _MaxCols = 1]’
fastLm.cpp:160:36: required from here
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:960:8: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
enum {
^
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h: In instantiation of ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, -1, 1, false> >’:
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:99:8: required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, -1, 1, false> >’
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:681:51: required from ‘struct Eigen::internal::binary_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, -1, 1, false> >, Eigen::internal::IndexBased, Eigen::internal::IndexBased, double, double>’
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:665:8: required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:349:39: required from ‘class Eigen::internal::redux_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:416:17: required from ‘typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar Eigen::DenseBase<Derived>::redux(const Func&) const [with BinaryOp = Eigen::internal::scalar_sum_op<double, double>; Derived = Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, -1, 1, false> >; typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar = double]’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:453:73: [ skipping 22 instantiation contexts, use -ftemplate-backtrace-limit=0 to disable ]
../inst/include/Eigen/src/Core/Matrix.h:294:31: required from ‘Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>::Matrix(const T&) [with T = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; _Scalar = double; int _Rows = -1; int _Cols = 1; int _Options = 0; int _MaxRows = -1; int _MaxCols = 1]’
../inst/include/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:796:41: required from ‘void Eigen::internal::call_assignment(Dst&, const Src&, const Func&, typename Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Src>::value, void*>::type) [with Dst = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; Src = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; Func = Eigen::internal::assign_op<double, double>; typename Eigen::internal::enable_if<Eigen::internal::evaluator_assume_aliasing<Src>::value, void*>::type = void*]’
../inst/include/Eigen/src/Core/AssignEvaluator.h:782:18: required from ‘void Eigen::internal::call_assignment(Dst&, const Src&) [with Dst = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; Src = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>]’
../inst/include/Eigen/src/Core/PlainObjectBase.h:714:32: required from ‘Derived& Eigen::PlainObjectBase<Derived>::_set(const Eigen::DenseBase<OtherDerived>&) [with OtherDerived = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; Derived = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
../inst/include/Eigen/src/Core/Matrix.h:225:24: required from ‘Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>& Eigen::Matrix<_Scalar, _Rows, _Cols, _Options, _MaxRows, _MaxCols>::operator=(const Eigen::DenseBase<OtherDerived>&) [with OtherDerived = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, 0>, Eigen::Transpose<const Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> > >, 0>, Eigen::Map<Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0, Eigen::Stride<0, 0> >, 0>; _Scalar = double; int _Rows = -1; int _Cols = 1; int _Options = 0; int _MaxRows = -1; int _MaxCols = 1]’
fastLm.cpp:179:55: required from here
../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:960:8: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I"/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.5.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.c -o init.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o RcppEigen.so RcppEigen.o RcppExports.o fastLm.o init.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/RcppEigen’
* installing *source* package ‘lmtest’ ...
** package ‘lmtest’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.5.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.c -o init.o
gfortran -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.5.2=. -fstack-protector-strong -c pan.f -o pan.o
/bin/bash: gfortran: command not found
make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:185: pan.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘lmtest’
* removing ‘/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/lmtest’
ERROR: dependency ‘SparseM’ is not available for package ‘quantreg’
* removing ‘/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/quantreg’
ERROR: dependencies ‘minqa’, ‘statmod’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/lme4’
ERROR: dependencies ‘pbkrtest’, ‘quantreg’, ‘lme4’ are not available for package ‘car’
* removing ‘/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/car’
ERROR: dependencies ‘car’, ‘lmtest’ are not available for package ‘AER’
* removing ‘/home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/AER’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpD656x2/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("AER") :
installation of package ‘SparseM’ had non-zero exit status
2: In install.packages("AER") :
installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
3: In install.packages("AER") :
installation of package ‘statmod’ had non-zero exit status
4: In install.packages("AER") :
installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
5: In install.packages("AER") :
installation of package ‘lmtest’ had non-zero exit status
6: In install.packages("AER") :
installation of package ‘quantreg’ had non-zero exit status
7: In install.packages("AER") :
installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
8: In install.packages("AER") :
installation of package ‘car’ had non-zero exit status
9: In install.packages("AER") :
installation of package ‘AER’ had non-zero exit status