dplyr filter doesn't filter all names specified in my vector

tidyverse
,
1

I want to filter names from a column using a vector (there are 526 names in it).
For context, I'm filtering eBird Basic Dataset (ebd) and it has 202.695 rows.

library(dplyr) #para la función de filtrado de especies porque en auk no se puede hacer por la cantidad de nombres
library(auk)#para las listas completas
library(readxl)#para cargar la lista de especies que está en un excel

ebd <- auk_ebd("C:/eBird/ebd_PY_relDec-2018.txt")%>%
auk_complete()%>%
auk_filter(file = "ebd_filtered.txt")%>%
read_ebd()

Lista_de_especies_RNP_Clements <- read_excel("CIAMB/TESIS/Data/Lista de especies RNP-Clements.xlsx")
species_matrix<-as.matrix(Lista_de_especies_RNP_Clements)
species_vector<-as.vector(species_matrix)

filtered<-filter(ebd,scientific_name%in%species_vector)

I don't have any error message, but when I checked the result I found that it didn't filter all the names in the vector.
I don't know if it's too many names in the vector or what...

2

The number of names is definitely not the problem, very likely you don't have exact matches, have in mind that this is case sensitive and empty spaces count.
If you need more specific help please provide a minimal REPRoducible EXample (reprex). A reprex makes it much easier for others to understand your issue and figure out how to help.

3

I checked one of the names that doesn't filter and it doesn't have any empty space.

I've made a reprex but I don't know if this works for you. I don't know how to show you my output because it has 170.000 rows aprox. Sorry, I'm learning

library(dplyr) #para la función de filtrado de especies porque en auk no se puede hacer por la cantidad de nombres
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
library(auk)#para las listas completas
#> auk 0.3.3 is designed for EBD files downloaded after 2018-08-15. 
#> EBD data directory:  C:/eBird/ 
#> eBird taxonomy version:  2018

ebd <- auk_ebd("C:/eBird/ebd_PY_relDec-2018.txt")%>%
auk_complete()%>%
auk_filter(file = "ebd_filtered.txt")%>%
read_ebd()

speciesRNP<-read.csv("C:/Users/Camila/Documents/CIAMB/TESIS/Data/Lista de especies RNP-Clements.csv",header = TRUE)
species_matrix<-as.matrix(speciesRNP)
species_vector<-as.vector(species_matrix)

filtered<-filter(ebd,scientific_name%in%species_vector)

Created on 2019-09-04 by the reprex package (v0.3.0)

4

Actually that is not a reprex, a REPRoducible EXample has to be reproducible by definition and we don't have access to your local files.

We don't need your complete dataset, you could share a small subset of it that shows your problem, maybe with that name that the filter doesn't work with.

1 Like
5

After looking at the documentation for auk_filter, I'm afraid you won't find much help here. This package works very differently than other R packages. You should email the maintainer if you need advice, or file a bug report if something's not working as documented. You can find out this information for any package with the packageDescription function:

packageDescription("auk", fields = c("Maintainer", "BugReports"))
# Maintainer: Matthew Strimas-Mackey <mes335 at cornell.edu>
# BugReports: https://github.com/CornellLabofOrnithology/auk/issues
#
# -- File: your/R/library/auk/Meta/package.rds 
# -- Fields read: BugReports, Maintainer

The best way to make a reprex for a problem is to look for where the problem happens, and just show that. A good process:

  1. Run a line of code
  2. Did it do what you expected? If so, go back to step 1.
  3. If there was a problem, share only the data necessary to show the problem.

If the amount of data is too large to fit in a post, that's a sign you're sharing too much. The good news is, while trying to find what's the minimum amount of data to reproduce a problem, many people often solve the problem themselves.

1 Like
6

This eBird dataset is fascinating.

Maybe its easier if you download the whole dataset from online and then do your filtering locally in R. I tried the following using the inbuilt example datafile and it worked:

library(auk)
system.file("extdata/ebd-sample.txt", package = "auk") %>% 
  read_ebd() -> bird_data 

table(bird_data$common_name)

bird_data %>% 
  filter(common_name == "Canada Jay")

bird_data %>% 
  filter(common_name %in% c("Blue Jay","Green Jay"))

HTH

7

After testing with a sample, I think my problem is in the vector

library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
library(datapasta)

species_sample<-read.csv("C:/Users/Camila/Documents/CIAMB/TESIS/Data/clements-sample.csv",header = TRUE)
species_sample_mtx<-as.matrix(species_sample)
species_sample_vct<-as.vector(species_sample_mtx)
dput(species_sample_vct)
#> c("Leistes superciliaris", "Sporophila plumbea", "Sporophila collaris", 
#> "Saltatricula multicolor", "Saltatricula atricollis", "Saltator coerulescens", 
#> "Saltator similis", "Saltator aurantiirostris", "Saltator fuliginosus", 
#> "Coryphaspiza melanotis", "Dryobates passerinus", "Elaenia obscura", 
#> "Tiaris fuliginosus", "Tangara cayana")

BDGP<-read.csv("C:/Users/Camila/Documents/CIAMB/TESIS/Data/BDGP1.csv",header = TRUE)
BDGP_select<-select(BDGP, Nro,Especie)
BDGP_sample<-BDGP_select[c(180:190),]
tribble_paste(BDGP_sample)
#> Warning in tribble_construct(input_table, oc = output_context): Column(s) 2
#> have been converted from factor to character in tribble output.
#> tibble::tribble(
#>   ~Nro,                    ~Especie,
#>    639,     "Saltator coerulescens",
#>    661, "Coryphospingus cucullatus",
#>    666,      "Ammodramus humeralis",
#>    668,      "Zonotrichia capensis",
#>    686,      "Icterus pyrrhopterus",
#>    689,      "Agelasticus cyanopus",
#>    693,   "Pseudoleistes guirahuro",
#>    698,     "Molothrus bonariensis",
#>    700,     "Leistes superciliaris",
#>     60,        "Zenaida auriculata",
#>     62,       "Columbina talpacoti"
#>   )

filter_bdgp<-filter(BDGP_sample,Especie%in%species_sample_vct)
tribble_paste(filter_bdgp)
#> Warning in tribble_construct(input_table, oc = output_context): Column(s) 2
#> have been converted from factor to character in tribble output.
#> tibble::tribble(
#>   ~Nro,                ~Especie,
#>    639, "Saltator coerulescens"
#>   )

Created on 2019-09-05 by the reprex package (v0.3.0)

The name "Leistes superciliaris" is in the vector but it doesn't appear in the filtered data.

8

If I take the vector you dput(), run the code with tribble() for the dataset, and then do the filtering, things look fine to me. Both expected rows are present.

Does this code also work for you? If so then I'd guess a good next step would be to investigate BDGP_sample prior to the step where you output it with tribble(). Maybe put in the result of running dput(BDGP_sample) instead of the output of tribble_paste()?

    
suppressPackageStartupMessages( library(dplyr) )
    
species_sample_vct = c("Leistes superciliaris", "Sporophila plumbea", "Sporophila collaris", 
   "Saltatricula multicolor", "Saltatricula atricollis", "Saltator coerulescens", 
   "Saltator similis", "Saltator aurantiirostris", "Saltator fuliginosus", 
   "Coryphaspiza melanotis", "Dryobates passerinus", "Elaenia obscura", 
   "Tiaris fuliginosus", "Tangara cayana")

BDGP_sample = tibble::tribble(
       ~Nro,                    ~Especie,
        639,     "Saltator coerulescens",
        661, "Coryphospingus cucullatus",
        666,      "Ammodramus humeralis",
        668,      "Zonotrichia capensis",
        686,      "Icterus pyrrhopterus",
        689,      "Agelasticus cyanopus",
        693,   "Pseudoleistes guirahuro",
        698,     "Molothrus bonariensis",
        700,     "Leistes superciliaris",
         60,        "Zenaida auriculata",
         62,       "Columbina talpacoti"
       )
    

filter(BDGP_sample, Especie %in% species_sample_vct)
#> # A tibble: 2 x 2
#>     Nro Especie              
#>   <dbl> <chr>                
#> 1   639 Saltator coerulescens
#> 2   700 Leistes superciliaris

Created on 2019-09-05 by the reprex package (v0.2.0).

1 Like
9

Could you post the result of running dput(BDGP_sample)? I suspect that in the Especie variable the levels are not equal to the labels.

10

I don't know why all the names appear now. Sorry, is long

library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union

BDGP<-read.csv("C:/Users/Camila/Documents/CIAMB/TESIS/Data/BDGP1.csv",header = TRUE)
BDGP_select<-select(BDGP, Nro,Especie)
BDGP_sample<-BDGP_select[c(180:190),]
dput(BDGP_sample)
#> structure(list(Nro = c(639, 661, 666, 668, 686, 689, 693, 698, 
#> 700, 60, 62), Especie = structure(c(556L, 179L, 24L, 702L, 317L, 
#> 8L, 524L, 376L, 336L, 701L, 171L), .Label = c("Accipiter bicolor", 
#> "Accipiter poliogaster", "Accipiter striatus", "Accipiter superciliosus", 
#> "Actitis macularius", "Aegolius harrisii", "Agelaioides badius", 
#> "Agelasticus cyanopus", "Agelasticus thilius", "Agriornis micropterus", 
#> "Agriornis murinus", "Alectrurus risora", "Alectrurus tricolor", 
#> "Alipiopsitta xanthops", "Alopochelidon fucata", "Amaurospiza moesta", 
#> "Amazilia versicolor", "Amazona aestiva", "Amazona amazonica", 
#> "Amazona pretrei", "Amazona vinacea", "Amazonetta brasiliensis", 
#> "Amblyramphus holosericeus", "Ammodramus humeralis", "Anabacerthia amaurotis", 
#> "Anabacerthia lichtensteini", "Anas bahamensis", "Anas flavirostris", 
#> "Anas georgica", "Anhima cornuta", "Anhinga anhinga", "Anodorhynchus hyacinthinus", 
#> "Anthracothorax nigricollis", "Anthus chacoensis", "Anthus furcatus", 
#> "Anthus hellmayri", "Anthus lutescens", "Anthus nattereri", "Antilophia galeata", 
#> "Antrostomus rufus", "Antrostomus sericocaudatus", "Anumbius annumbi", 
#> "Anurolimnas viridis", "Ara ararauna", "Ara chloropterus", "Aramides cajaneus", 
#> "Aramides saracura", "Aramides ypecaha", "Aramus guarauna", "Aratinga nenday", 
#> "Ardea alba", "Ardea cocoi", "Arenaria interpres", "Arremon flavirostris", 
#> "Arundinicola leucocephala", "Asemospiza obscura", "Asio clamator", 
#> "Asio flammeus", "Asio stygius", "Asthenes baeri", "Asthenes pyrrholeuca", 
#> "Athene cunicularia", "Attila phoenicurus", "Automolus leucophthalmus", 
#> "Bartramia longicauda", "Baryphthengus ruficapillus", "Basileuterus culicivorus", 
#> "Basileuterus hypoleucus", "Batara cinerea", "Botaurus pinnatus", 
#> "Brotogeris chiriri", "Bubo virginianus", "Bubulcus ibis", "Busarellus nigricollis", 
#> "Buteo albonotatus", "Buteo brachyurus", "Buteo nitidus", "Buteo swainsoni", 
#> "Buteogallus coronatus", "Buteogallus meridionalis", "Buteogallus urubitinga", 
#> "Butorides striata", "Cacicus chrysopterus", "Cacicus haemorrhous", 
#> "Cacicus solitarius", "Cairina moschata", "Calidris alba", "Calidris alpina", 
#> "Calidris bairdii", "Calidris canutus", "Calidris fuscicollis", 
#> "Calidris himantopus", "Calidris melanotos", "Calidris minutilla", 
#> "Calidris pusilla", "Calidris subruficollis", "Calliphlox amethystina", 
#> "Callonetta leucophrys", "Campephilus leucopogon", "Campephilus melanoleucos", 
#> "Campephilus robustus", "Camptostoma obsoletum", "Campylorhamphus falcularius", 
#> "Campylorhamphus trochilirostris", "Campylorhynchus turdinus", 
#> "Cantorchilus guarayanus", "Cantorchilus leucotis", "Capsiempis flaveola", 
#> "Caracara plancus", "Cariama cristata", "Casiornis rufus", "Cathartes aura", 
#> "Cathartes burrovianus", "Catharus fuscescens", "Celeus flavescens", 
#> "Celeus galeatus", "Celeus lugubris", "Cercomacra melanaria", 
#> "Certhiaxis cinnamomeus", "Chaetura cinereiventris", "Chaetura meridionalis", 
#> "Chamaeza campanisona", "Charadrius collaris", "Charadrius modestus", 
#> "Charadrius semipalmatus", "Chauna torquata", "Chiroxiphia caudata", 
#> "Chloroceryle aenea", "Chloroceryle amazona", "Chloroceryle americana", 
#> "Chloroceryle inda", "Chlorophonia cyanea", "Chlorostilbon lucidus", 
#> "Chondrohierax uncinatus", "Chordeiles acutipennis", "Chordeiles minor", 
#> "Chordeiles nacunda", "Chroicocephalus cirrocephalus", "Chroicocephalus maculipennis", 
#> "Chrysolampis mosquitus", "Chrysomus ruficapillus", "Chunga burmeisteri", 
#> "Ciccaba huhula", "Ciccaba virgata", "Ciconia maguari", "Cinclodes fuscus", 
#> "Circus buffoni", "Circus cinereus", "Cissopis leverianus", "Cistothorus platensis", 
#> "Claravis geoffroyi", "Claravis pretiosa", "Clibanornis dendrocolaptoides", 
#> "Clibanornis rectirostris", "Cnemotriccus fuscatus", "Coccycua cinerea", 
#> "Coccycua minuta", "Coccyzus americanus", "Coccyzus erythropthalmus", 
#> "Coccyzus euleri", "Coccyzus melacoryphus", "Cochlearius cochlearius", 
#> "Coereba flaveola", "Colaptes campestris", "Colaptes melanochloros", 
#> "Colonia colonus", "Columba livia", "Columbina minuta", "Columbina picui", 
#> "Columbina squammata", "Columbina talpacoti", "Conirostrum speciosum", 
#> "Conopias trivirgatus", "Conopophaga lineata", "Contopus cinereus", 
#> "Coragyps atratus", "Coryphaspiza melanotis", "Coryphistera alaudina", 
#> "Coryphospingus cucullatus", "Corythopis delalandi", "Coscoroba coscoroba", 
#> "Coturnicops notatus", "Cranioleuca obsoleta", "Cranioleuca pyrrhophia", 
#> "Cranioleuca vulpina", "Crax fasciolata", "Crotophaga ani", "Crotophaga major", 
#> "Crypturellus obsoletus", "Crypturellus parvirostris", "Crypturellus tataupa", 
#> "Crypturellus undulatus", "Culicivora caudacuta", "Cyanocompsa brissonii", 
#> "Cyanocorax caeruleus", "Cyanocorax chrysops", "Cyanocorax cristatellus", 
#> "Cyanocorax cyanomelas", "Cyanoloxia brissonii", "Cyanoloxia glaucocaerulea", 
#> "Cyclarhis gujanensis", "Cypseloides fumigatus", "Cypseloides senex", 
#> "Cypsnagra hirundinacea", "Dacnis cayana", "Dendrocincla turdina", 
#> "Dendrocolaptes picumnus", "Dendrocolaptes platyrostris", "Dendrocygna autumnalis", 
#> "Dendrocygna bicolor", "Dendrocygna viduata", "Dolichonyx oryzivorus", 
#> "Donacobius atricapilla", "Donacospiza albifrons", "Dromococcyx pavoninus", 
#> "Dromococcyx phasianellus", "Drymophila malura", "Drymophila rubricollis", 
#> "Drymornis bridgesii", "Dryobates mixtus", "Dryobates passerinus", 
#> "Dryobates spilogaster", "Dryocopus lineatus", "Dryocopus schulzi", 
#> "Dysithamnus mentalis", "Egretta thula", "Elaenia albiceps", 
#> "Elaenia chiriquensis", "Elaenia flavogaster", "Elaenia mesoleuca", 
#> "Elaenia obscura", "Elaenia parvirostris", "Elaenia spectabilis", 
#> "Elanoides forficatus", "Elanus leucurus", "Eleothreptus anomalus", 
#> "Eleothreptus candicans", "Emberizoides herbicola", "Emberizoides ypiranganus", 
#> "Embernagra platensis", "Empidonax alnorum", "Empidonomus aurantioatrocristatus", 
#> "Empidonomus varius", "Eucometis penicillata", "Eudromia formosa", 
#> "Eupetomena macroura", "Euphonia chalybea", "Euphonia chlorotica", 
#> "Euphonia cyanocephala", "Euphonia pectoralis", "Euphonia violacea", 
#> "Eupsittula aurea", "Euscarthmus meloryphus", "Falco deiroleucus", 
#> "Falco femoralis", "Falco peregrinus", "Falco rufigularis", "Falco sparverius", 
#> "Florisuga fusca", "Fluvicola albiventer", "Fluvicola nengeta", 
#> "Formicivora melanogaster", "Formicivora rufa", "Forpus xanthopterygius", 
#> "Fulica armillata", "Fulica leucoptera", "Fulica rufifrons", 
#> "Furnarius cristatus", "Furnarius leucopus", "Furnarius rufus", 
#> "Galbula ruficauda", "Gallinago paraguaiae", "Gallinago undulata", 
#> "Gallinula galeata", "Gampsonyx swainsonii", "Gelochelidon nilotica", 
#> "Geositta poeciloptera", "Geothlypis aequinoctialis", "Geotrygon montana", 
#> "Geotrygon violacea", "Geranoaetus albicaudatus", "Geranoaetus melanoleucus", 
#> "Geranospiza caerulescens", "Glaucidium brasilianum", "Gnorimopsar chopi", 
#> "Grallaria varia", "Gubernetes yetapa", "Guira guira", "Habia rubica", 
#> "Hapalocrex flaviventer", "Haplospiza unicolor", "Harpagus diodon", 
#> "Harpia harpyja", "Heliobletus contaminatus", "Heliomaster furcifer", 
#> "Heliomaster longirostris", "Heliornis fulica", "Hemithraupis guira", 
#> "Hemitriccus diops", "Hemitriccus margaritaceiventer", "Herpetotheres cachinnans", 
#> "Herpsilochmus atricapillus", "Herpsilochmus rufimarginatus", 
#> "Heteronetta atricapilla", "Himantopus mexicanus", "Hirundinea ferruginea", 
#> "Hirundo rustica", "Hydropsalis maculicaudus", "Hydropsalis torquata", 
#> "Hylocharis chrysura", "Hylocharis sapphirina", "Hylopezus nattereri", 
#> "Hylophilus poicilotis", "Hymenops perspicillatus", "Hypoedaleus guttatus", 
#> "Icterus croconotus", "Icterus pyrrhopterus", "Ictinia mississippiensis", 
#> "Ictinia plumbea", "Inezia inornata", "Ixobrychus exilis", "Ixobrychus involucris", 
#> "Jabiru mycteria", "Jacana jacana", "Knipolegus aterrimus", "Knipolegus cyanirostris", 
#> "Knipolegus hudsoni", "Knipolegus lophotes", "Knipolegus striaticeps", 
#> "Laterallus exilis", "Laterallus leucopyrrhus", "Laterallus melanophaius", 
#> "Laterallus xenopterus", "Lathrotriccus euleri", "Legatus leucophaius", 
#> "Leistes superciliaris", "Lepidocolaptes angustirostris", "Lepidocolaptes falcinellus", 
#> "Leptasthenura platensis", "Leptodon cayanensis", "Leptopogon amaurocephalus", 
#> "Leptotila rufaxilla", "Leptotila verreauxi", "Lessonia rufa", 
#> "Leucochloris albicollis", "Leucophaeus pipixcan", "Limosa haemastica", 
#> "Lochmias nematura", "Lophospingus pusillus", "Lurocalis semitorquatus", 
#> "Machetornis rixosa", "Mackenziaena leachii", "Mackenziaena severa", 
#> "Manacus manacus", "Megaceryle torquata", "Megarynchus pitangua", 
#> "Megascops atricapilla", "Megascops choliba", "Melanerpes cactorum", 
#> "Melanerpes candidus", "Melanerpes flavifrons", "Melanopareia maximiliani", 
#> "Melanopareia torquata", "Mergus octosetaceus", "Mesembrinibis cayennensis", 
#> "Micrastur ruficollis", "Micrastur semitorquatus", "Micropygia schomburgkii", 
#> "Microspingus melanoleucus", "Microspingus torquatus", "Milvago chimachima", 
#> "Milvago chimango", "Mimus saturninus", "Mimus triurus", "Mionectes rufiventris", 
#> "Molothrus bonariensis", "Molothrus oryzivorus", "Molothrus rufoaxillaris", 
#> "Momotus momota", "Muscipipra vetula", "Mustelirallus albicollis", 
#> "Mustelirallus erythrops", "Mycteria americana", "Myiarchus ferox", 
#> "Myiarchus swainsoni", "Myiarchus tyrannulus", "Myiodynastes maculatus", 
#> "Myiopagis caniceps", "Myiopagis viridicata", "Myiophobus fasciatus", 
#> "Myiopsitta monachus", "Myiornis auricularis", "Myiothlypis flaveola", 
#> "Myiothlypis leucoblephara", "Myiothlypis rivularis", "Myiozetetes cayanensis", 
#> "Myiozetetes similis", "Myrmorchilus strigilatus", "Nemosia pileata", 
#> "Neothraupis fasciata", "Netta peposaca", "Nomonyx dominicus", 
#> "Nonnula rubecula", "Notharchus swainsoni", "Nothoprocta cinerascens", 
#> "Nothura boraquira", "Nothura chacoensis", "Nothura maculosa", 
#> "Nothura minor", "Nyctibius aethereus", "Nyctibius grandis", 
#> "Nyctibius griseus", "Nycticorax nycticorax", "Nycticryphes semicollaris", 
#> "Nyctidromus albicollis", "Nyctiphrynus ocellatus", "Nyctiprogne leucopyga", 
#> "Nystalus chacuru", "Nystalus maculatus", "Ochthoeca oenanthoides", 
#> "Odontophorus capueira", "Ortalis canicollis", "Oxyruncus cristatus", 
#> "Oxyura vittata", "Pachyramphus castaneus", "Pachyramphus polychopterus", 
#> "Pachyramphus validus", "Pachyramphus viridis", "Pandion haliaetus", 
#> "Parabuteo leucorrhous", "Parabuteo unicinctus", "Pardirallus maculatus", 
#> "Pardirallus nigricans", "Pardirallus sanguinolentus", "Paroaria capitata", 
#> "Paroaria coronata", "Passer domesticus", "Patagioenas cayennensis", 
#> "Patagioenas maculosa", "Patagioenas picazuro", "Patagioenas speciosa", 
#> "Penelope obscura", "Penelope superciliaris", "Petrochelidon pyrrhonota", 
#> "Phacellodomus ruber", "Phacellodomus rufifrons", "Phacellodomus sibilatrix", 
#> "Phacellodomus striaticollis", "Phaeomyias murina", "Phaethornis eurynome", 
#> "Phaethornis pretrei", "Phaethornis subochraceus", "PhaethornisSubochraceus", 
#> "Phaetusa simplex", "Phalacrocorax brasilianus", "Phalaropus fulicarius", 
#> "Phalaropus tricolor", "Pheucticus aureoventris", "Phibalura flavirostris", 
#> "Philydor atricapillus", "Philydor rufum", "Phimosus infuscatus", 
#> "Phleocryptes melanops", "Phoenicopterus chilensis", "Phyllomyias burmeisteri", 
#> "Phyllomyias fasciatus", "Phyllomyias reiseri", "Phyllomyias virescens", 
#> "Phylloscartes eximius", "Phylloscartes paulista", "Phylloscartes sylviolus", 
#> "Phylloscartes ventralis", "Phytotoma rutila", "Piaya cayana", 
#> "Piculus aurulentus", "Piculus chrysochloros", "Picumnus albosquamatus", 
#> "Picumnus cirratus", "Picumnus temminckii", "Pilherodius pileatus", 
#> "Pionopsitta pileata", "Pionus maximiliani", "Pipile cumanensis", 
#> "Pipile jacutinga", "Pipra fasciicauda", "Pipraeidea melanonota", 
#> "Pipraidea bonariensis", "Piprites chloris", "Piranga flava", 
#> "Pitangus sulphuratus", "Platalea ajaja", "Platyrinchus leucoryphus", 
#> "Platyrinchus mystaceus", "Plegadis chihi", "Pluvialis dominica", 
#> "Pluvialis squatarola", "Podiceps major", "Podiceps occipitalis", 
#> "Podilymbus podiceps", "Poecilotriccus latirostris", "Poecilotriccus plumbeiceps", 
#> "Polioptila dumicola", "Polioptila lactea", "Polystictus pectoralis", 
#> "Polytmus guainumbi", "Poospiza cabanisi", "Poospiza nigrorufa", 
#> "Porphyrio flavirostris", "Porphyrio martinica", "Porphyriops melanops", 
#> "Primolius auricollis", "Primolius maracana", "Procnias nudicollis", 
#> "Progne chalybea", "Progne elegans", "Progne subis", "Progne tapera", 
#> "Psarocolius decumanus", "Pseudastur polionotus", "Pseudocolopteryx acutipennis", 
#> "Pseudocolopteryx dinelliana", "Pseudocolopteryx flaviventris", 
#> "Pseudocolopteryx sclateri", "Pseudoleistes guirahuro", "Pseudoleistes virescens", 
#> "Pseudoseisura lophotes", "Pseudoseisura unirufa", "Psittacara leucophthalmus", 
#> "Pteroglossus bailloni", "Pteroglossus castanotis", "Pulsatrix koeniswaldiana", 
#> "Pulsatrix perspicillata", "Pygochelidon cyanoleuca", "Pygochelidon melanoleuca", 
#> "Pyriglena leuconota", "Pyriglena leucoptera", "Pyrocephalus rubinus", 
#> "Pyroderus scutatus", "Pyrrhura devillei", "Pyrrhura frontalis", 
#> "Pyrrhura molinae", "Ramphastos dicolorus", "Ramphastos toco", 
#> "Ramphocelus carbo", "Ramphotrigon megacephalum", "Rhea americana", 
#> "Rhinocrypta lanceolata", "Rhynchospiza strigiceps", "Rhynchotus rufescens", 
#> "Riparia riparia", "Rollandia rolland", "Rostrhamus sociabilis", 
#> "Rupornis magnirostris", "Rynchops niger", "Saltator aurantiirostris", 
#> "Saltator coerulescens", "Saltator fuliginosus", "Saltator similis", 
#> "Saltatricula atricollis", "Saltatricula multicolor", "Sarcoramphus papa", 
#> "Sarkidiornis melanotos", "Satrapa icterophrys", "Schiffornis virescens", 
#> "Schistochlamys melanopis", "Schoeniophylax phryganophilus", 
#> "Sclerurus scansor", "Selenidera maculirostris", "Serpophaga griseicapilla", 
#> "Serpophaga munda", "Serpophaga nigricans", "Serpophaga subcristata", 
#> "Setopagis parvula", "Setophaga pitiayumi", "Sicalis columbiana", 
#> "Sicalis flaveola", "Sicalis luteola", "Sirystes sibilator", 
#> "Sittasomus griseicapillus", "Spartonoica maluroides", "Spatula cyanoptera", 
#> "Spatula platalea", "Spatula versicolor", "Spinus magellanicus", 
#> "Spizaetus melanoleucus", "Spizaetus ornatus", "Spizaetus tyrannus", 
#> "Spiziapteryx circumcincta", "Sporophila angolensis", "Sporophila bouvreuil", 
#> "Sporophila caerulescens", "Sporophila cinnamomea", "Sporophila collaris", 
#> "Sporophila falcirostris", "Sporophila frontalis", "Sporophila hypochroma", 
#> "Sporophila hypoxantha", "Sporophila iberaensis", "Sporophila leucoptera", 
#> "Sporophila lineola", "Sporophila nigricollis", "Sporophila palustris", 
#> "Sporophila pileata", "Sporophila plumbea", "Sporophila ruficollis", 
#> "Sporophila zelichi", "Stelgidopteryx ruficollis", "Stephanophorus diadematus", 
#> "Stephanoxis loddigesii", "Sterna hirundo", "Sterna paradisaea", 
#> "Sternula superciliaris", "Stigmatura budytoides", "Stilpnia preciosa", 
#> "Streptoprocne zonaris", "Strix chacoensis", "Strix hylophila", 
#> "Sublegatus modestus", "Suiriri suiriri", "Synallaxis albescens", 
#> "Synallaxis albilora", "Synallaxis cinerascens", "Synallaxis frontalis", 
#> "Synallaxis hypospodia", "Synallaxis ruficapilla", "Synallaxis scutata", 
#> "Synallaxis spixi", "Syndactyla dimidiata", "Syndactyla rufosuperciliata", 
#> "Syrigma sibilatrix", "Systellura longirostris", "Tachuris rubrigastra", 
#> "Tachybaptus dominicus", "Tachycineta albiventer", "Tachycineta leucopyga", 
#> "Tachycineta leucorrhoa", "Tachyphonus coronatus", "Tachyphonus rufus", 
#> "Tangara cayana", "Tangara seledon", "Tapera naevia", "Taraba major", 
#> "Tarphonomus certhioides", "Terenura maculata", "Tersina viridis", 
#> "Thalurania furcata", "Thalurania glaucopis", "Thamnophilus caerulescens", 
#> "Thamnophilus doliatus", "Thamnophilus ruficapillus", "Thamnophilus sticturus", 
#> "Thamnophilus torquatus", "Thectocercus acuticaudatus", "Theristicus caerulescens", 
#> "Theristicus caudatus", "Thlypopsis pyrrhocoma", "Thlypopsis sordida", 
#> "Thraupis palmarum", "Thraupis sayaca", "Tiaris fuliginosus", 
#> "Tigrisoma lineatum", "Tinamus solitarius", "Tityra cayana", 
#> "Tityra inquisitor", "Tityra semifasciata", "Todirostrum cinereum", 
#> "Tolmomyias sulphurescens", "Trichothraupis melanops", "Tringa flavipes", 
#> "Tringa melanoleuca", "Tringa solitaria", "Troglodytes aedon", 
#> "Trogon curucui", "Trogon rufus", "Trogon surrucura", "Turdus albicollis", 
#> "Turdus amaurochalinus", "Turdus leucomelas", "Turdus nigriceps", 
#> "Turdus rufiventris", "Tyrannus melancholicus", "Tyrannus savana", 
#> "Tyrannus tyrannus", "Tyto alba", "Vanellus cayanus", "Vanellus chilensis", 
#> "Vireo olivaceus", "Volatinia jacarina", "Vultur gryphus", "Xanthopsar flavus", 
#> "Xenops minutus", "Xenops rutilans", "Xenopsaris albinucha", 
#> "Xiphocolaptes albicollis", "Xiphocolaptes major", "Xiphorhynchus fuscus", 
#> "Xolmis cinereus", "Xolmis coronatus", "Xolmis irupero", "Xolmis velatus", 
#> "Zenaida auriculata", "Zonotrichia capensis"), class = "factor")), row.names = 180:190, class = "data.frame")

Created on 2019-09-05 by the reprex package (v0.3.0)

11

I still can't reproduce your issue. If you run this do you get any different output?

BDGP_sample %>% 
    mutate(Especie = as.character(Especie)) %>% 
    filter(Especie %in% species_sample_vct)
12 
library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union

species_sample<-read.csv("C:/Users/Camila/Documents/CIAMB/TESIS/Data/clements-sample.csv",header = TRUE)
species_sample_mtx<-as.matrix(species_sample)
species_sample_vct<-as.vector(species_sample_mtx)
dput(species_sample_vct)
#> c("Leistes superciliaris", "Sporophila plumbea", "Sporophila collaris", 
#> "Saltatricula multicolor", "Saltatricula atricollis", "Saltator coerulescens", 
#> "Saltator similis", "Saltator aurantiirostris", "Saltator fuliginosus", 
#> "Coryphaspiza melanotis", "Dryobates passerinus", "Elaenia obscura", 
#> "Tiaris fuliginosus", "Tangara cayana")

BDGP<-read.csv("C:/Users/Camila/Documents/CIAMB/TESIS/Data/BDGP1.csv",header = TRUE)
BDGP_select<-select(BDGP, Nro,Especie)
BDGP_sample<-BDGP_select[c(180:190),]
dput(BDGP_sample)
#> structure(list(Nro = c(639, 661, 666, 668, 686, 689, 693, 698, 
#> 700, 60, 62), Especie = structure(c(556L, 179L, 24L, 702L, 317L, 
#> 8L, 524L, 376L, 336L, 701L, 171L), .Label = c("Accipiter bicolor", 
#> "Accipiter poliogaster", "Accipiter striatus", "Accipiter superciliosus", 
#> "Actitis macularius", "Aegolius harrisii", "Agelaioides badius", 
#> "Agelasticus cyanopus", "Agelasticus thilius", "Agriornis micropterus", 
#> "Agriornis murinus", "Alectrurus risora", "Alectrurus tricolor", 
#> "Alipiopsitta xanthops", "Alopochelidon fucata", "Amaurospiza moesta", 
#> "Amazilia versicolor", "Amazona aestiva", "Amazona amazonica", 
#> "Amazona pretrei", "Amazona vinacea", "Amazonetta brasiliensis", 
#> "Amblyramphus holosericeus", "Ammodramus humeralis", "Anabacerthia amaurotis", 
#> "Anabacerthia lichtensteini", "Anas bahamensis", "Anas flavirostris", 
#> "Anas georgica", "Anhima cornuta", "Anhinga anhinga", "Anodorhynchus hyacinthinus", 
#> "Anthracothorax nigricollis", "Anthus chacoensis", "Anthus furcatus", 
#> "Anthus hellmayri", "Anthus lutescens", "Anthus nattereri", "Antilophia galeata", 
#> "Antrostomus rufus", "Antrostomus sericocaudatus", "Anumbius annumbi", 
#> "Anurolimnas viridis", "Ara ararauna", "Ara chloropterus", "Aramides cajaneus", 
#> "Aramides saracura", "Aramides ypecaha", "Aramus guarauna", "Aratinga nenday", 
#> "Ardea alba", "Ardea cocoi", "Arenaria interpres", "Arremon flavirostris", 
#> "Arundinicola leucocephala", "Asemospiza obscura", "Asio clamator", 
#> "Asio flammeus", "Asio stygius", "Asthenes baeri", "Asthenes pyrrholeuca", 
#> "Athene cunicularia", "Attila phoenicurus", "Automolus leucophthalmus", 
#> "Bartramia longicauda", "Baryphthengus ruficapillus", "Basileuterus culicivorus", 
#> "Basileuterus hypoleucus", "Batara cinerea", "Botaurus pinnatus", 
#> "Brotogeris chiriri", "Bubo virginianus", "Bubulcus ibis", "Busarellus nigricollis", 
#> "Buteo albonotatus", "Buteo brachyurus", "Buteo nitidus", "Buteo swainsoni", 
#> "Buteogallus coronatus", "Buteogallus meridionalis", "Buteogallus urubitinga", 
#> "Butorides striata", "Cacicus chrysopterus", "Cacicus haemorrhous", 
#> "Cacicus solitarius", "Cairina moschata", "Calidris alba", "Calidris alpina", 
#> "Calidris bairdii", "Calidris canutus", "Calidris fuscicollis", 
#> "Calidris himantopus", "Calidris melanotos", "Calidris minutilla", 
#> "Calidris pusilla", "Calidris subruficollis", "Calliphlox amethystina", 
#> "Callonetta leucophrys", "Campephilus leucopogon", "Campephilus melanoleucos", 
#> "Campephilus robustus", "Camptostoma obsoletum", "Campylorhamphus falcularius", 
#> "Campylorhamphus trochilirostris", "Campylorhynchus turdinus", 
#> "Cantorchilus guarayanus", "Cantorchilus leucotis", "Capsiempis flaveola", 
#> "Caracara plancus", "Cariama cristata", "Casiornis rufus", "Cathartes aura", 
#> "Cathartes burrovianus", "Catharus fuscescens", "Celeus flavescens", 
#> "Celeus galeatus", "Celeus lugubris", "Cercomacra melanaria", 
#> "Certhiaxis cinnamomeus", "Chaetura cinereiventris", "Chaetura meridionalis", 
#> "Chamaeza campanisona", "Charadrius collaris", "Charadrius modestus", 
#> "Charadrius semipalmatus", "Chauna torquata", "Chiroxiphia caudata", 
#> "Chloroceryle aenea", "Chloroceryle amazona", "Chloroceryle americana", 
#> "Chloroceryle inda", "Chlorophonia cyanea", "Chlorostilbon lucidus", 
#> "Chondrohierax uncinatus", "Chordeiles acutipennis", "Chordeiles minor", 
#> "Chordeiles nacunda", "Chroicocephalus cirrocephalus", "Chroicocephalus maculipennis", 
#> "Chrysolampis mosquitus", "Chrysomus ruficapillus", "Chunga burmeisteri", 
#> "Ciccaba huhula", "Ciccaba virgata", "Ciconia maguari", "Cinclodes fuscus", 
#> "Circus buffoni", "Circus cinereus", "Cissopis leverianus", "Cistothorus platensis", 
#> "Claravis geoffroyi", "Claravis pretiosa", "Clibanornis dendrocolaptoides", 
#> "Clibanornis rectirostris", "Cnemotriccus fuscatus", "Coccycua cinerea", 
#> "Coccycua minuta", "Coccyzus americanus", "Coccyzus erythropthalmus", 
#> "Coccyzus euleri", "Coccyzus melacoryphus", "Cochlearius cochlearius", 
#> "Coereba flaveola", "Colaptes campestris", "Colaptes melanochloros", 
#> "Colonia colonus", "Columba livia", "Columbina minuta", "Columbina picui", 
#> "Columbina squammata", "Columbina talpacoti", "Conirostrum speciosum", 
#> "Conopias trivirgatus", "Conopophaga lineata", "Contopus cinereus", 
#> "Coragyps atratus", "Coryphaspiza melanotis", "Coryphistera alaudina", 
#> "Coryphospingus cucullatus", "Corythopis delalandi", "Coscoroba coscoroba", 
#> "Coturnicops notatus", "Cranioleuca obsoleta", "Cranioleuca pyrrhophia", 
#> "Cranioleuca vulpina", "Crax fasciolata", "Crotophaga ani", "Crotophaga major", 
#> "Crypturellus obsoletus", "Crypturellus parvirostris", "Crypturellus tataupa", 
#> "Crypturellus undulatus", "Culicivora caudacuta", "Cyanocompsa brissonii", 
#> "Cyanocorax caeruleus", "Cyanocorax chrysops", "Cyanocorax cristatellus", 
#> "Cyanocorax cyanomelas", "Cyanoloxia brissonii", "Cyanoloxia glaucocaerulea", 
#> "Cyclarhis gujanensis", "Cypseloides fumigatus", "Cypseloides senex", 
#> "Cypsnagra hirundinacea", "Dacnis cayana", "Dendrocincla turdina", 
#> "Dendrocolaptes picumnus", "Dendrocolaptes platyrostris", "Dendrocygna autumnalis", 
#> "Dendrocygna bicolor", "Dendrocygna viduata", "Dolichonyx oryzivorus", 
#> "Donacobius atricapilla", "Donacospiza albifrons", "Dromococcyx pavoninus", 
#> "Dromococcyx phasianellus", "Drymophila malura", "Drymophila rubricollis", 
#> "Drymornis bridgesii", "Dryobates mixtus", "Dryobates passerinus", 
#> "Dryobates spilogaster", "Dryocopus lineatus", "Dryocopus schulzi", 
#> "Dysithamnus mentalis", "Egretta thula", "Elaenia albiceps", 
#> "Elaenia chiriquensis", "Elaenia flavogaster", "Elaenia mesoleuca", 
#> "Elaenia obscura", "Elaenia parvirostris", "Elaenia spectabilis", 
#> "Elanoides forficatus", "Elanus leucurus", "Eleothreptus anomalus", 
#> "Eleothreptus candicans", "Emberizoides herbicola", "Emberizoides ypiranganus", 
#> "Embernagra platensis", "Empidonax alnorum", "Empidonomus aurantioatrocristatus", 
#> "Empidonomus varius", "Eucometis penicillata", "Eudromia formosa", 
#> "Eupetomena macroura", "Euphonia chalybea", "Euphonia chlorotica", 
#> "Euphonia cyanocephala", "Euphonia pectoralis", "Euphonia violacea", 
#> "Eupsittula aurea", "Euscarthmus meloryphus", "Falco deiroleucus", 
#> "Falco femoralis", "Falco peregrinus", "Falco rufigularis", "Falco sparverius", 
#> "Florisuga fusca", "Fluvicola albiventer", "Fluvicola nengeta", 
#> "Formicivora melanogaster", "Formicivora rufa", "Forpus xanthopterygius", 
#> "Fulica armillata", "Fulica leucoptera", "Fulica rufifrons", 
#> "Furnarius cristatus", "Furnarius leucopus", "Furnarius rufus", 
#> "Galbula ruficauda", "Gallinago paraguaiae", "Gallinago undulata", 
#> "Gallinula galeata", "Gampsonyx swainsonii", "Gelochelidon nilotica", 
#> "Geositta poeciloptera", "Geothlypis aequinoctialis", "Geotrygon montana", 
#> "Geotrygon violacea", "Geranoaetus albicaudatus", "Geranoaetus melanoleucus", 
#> "Geranospiza caerulescens", "Glaucidium brasilianum", "Gnorimopsar chopi", 
#> "Grallaria varia", "Gubernetes yetapa", "Guira guira", "Habia rubica", 
#> "Hapalocrex flaviventer", "Haplospiza unicolor", "Harpagus diodon", 
#> "Harpia harpyja", "Heliobletus contaminatus", "Heliomaster furcifer", 
#> "Heliomaster longirostris", "Heliornis fulica", "Hemithraupis guira", 
#> "Hemitriccus diops", "Hemitriccus margaritaceiventer", "Herpetotheres cachinnans", 
#> "Herpsilochmus atricapillus", "Herpsilochmus rufimarginatus", 
#> "Heteronetta atricapilla", "Himantopus mexicanus", "Hirundinea ferruginea", 
#> "Hirundo rustica", "Hydropsalis maculicaudus", "Hydropsalis torquata", 
#> "Hylocharis chrysura", "Hylocharis sapphirina", "Hylopezus nattereri", 
#> "Hylophilus poicilotis", "Hymenops perspicillatus", "Hypoedaleus guttatus", 
#> "Icterus croconotus", "Icterus pyrrhopterus", "Ictinia mississippiensis", 
#> "Ictinia plumbea", "Inezia inornata", "Ixobrychus exilis", "Ixobrychus involucris", 
#> "Jabiru mycteria", "Jacana jacana", "Knipolegus aterrimus", "Knipolegus cyanirostris", 
#> "Knipolegus hudsoni", "Knipolegus lophotes", "Knipolegus striaticeps", 
#> "Laterallus exilis", "Laterallus leucopyrrhus", "Laterallus melanophaius", 
#> "Laterallus xenopterus", "Lathrotriccus euleri", "Legatus leucophaius", 
#> "Leistes superciliaris", "Lepidocolaptes angustirostris", "Lepidocolaptes falcinellus", 
#> "Leptasthenura platensis", "Leptodon cayanensis", "Leptopogon amaurocephalus", 
#> "Leptotila rufaxilla", "Leptotila verreauxi", "Lessonia rufa", 
#> "Leucochloris albicollis", "Leucophaeus pipixcan", "Limosa haemastica", 
#> "Lochmias nematura", "Lophospingus pusillus", "Lurocalis semitorquatus", 
#> "Machetornis rixosa", "Mackenziaena leachii", "Mackenziaena severa", 
#> "Manacus manacus", "Megaceryle torquata", "Megarynchus pitangua", 
#> "Megascops atricapilla", "Megascops choliba", "Melanerpes cactorum", 
#> "Melanerpes candidus", "Melanerpes flavifrons", "Melanopareia maximiliani", 
#> "Melanopareia torquata", "Mergus octosetaceus", "Mesembrinibis cayennensis", 
#> "Micrastur ruficollis", "Micrastur semitorquatus", "Micropygia schomburgkii", 
#> "Microspingus melanoleucus", "Microspingus torquatus", "Milvago chimachima", 
#> "Milvago chimango", "Mimus saturninus", "Mimus triurus", "Mionectes rufiventris", 
#> "Molothrus bonariensis", "Molothrus oryzivorus", "Molothrus rufoaxillaris", 
#> "Momotus momota", "Muscipipra vetula", "Mustelirallus albicollis", 
#> "Mustelirallus erythrops", "Mycteria americana", "Myiarchus ferox", 
#> "Myiarchus swainsoni", "Myiarchus tyrannulus", "Myiodynastes maculatus", 
#> "Myiopagis caniceps", "Myiopagis viridicata", "Myiophobus fasciatus", 
#> "Myiopsitta monachus", "Myiornis auricularis", "Myiothlypis flaveola", 
#> "Myiothlypis leucoblephara", "Myiothlypis rivularis", "Myiozetetes cayanensis", 
#> "Myiozetetes similis", "Myrmorchilus strigilatus", "Nemosia pileata", 
#> "Neothraupis fasciata", "Netta peposaca", "Nomonyx dominicus", 
#> "Nonnula rubecula", "Notharchus swainsoni", "Nothoprocta cinerascens", 
#> "Nothura boraquira", "Nothura chacoensis", "Nothura maculosa", 
#> "Nothura minor", "Nyctibius aethereus", "Nyctibius grandis", 
#> "Nyctibius griseus", "Nycticorax nycticorax", "Nycticryphes semicollaris", 
#> "Nyctidromus albicollis", "Nyctiphrynus ocellatus", "Nyctiprogne leucopyga", 
#> "Nystalus chacuru", "Nystalus maculatus", "Ochthoeca oenanthoides", 
#> "Odontophorus capueira", "Ortalis canicollis", "Oxyruncus cristatus", 
#> "Oxyura vittata", "Pachyramphus castaneus", "Pachyramphus polychopterus", 
#> "Pachyramphus validus", "Pachyramphus viridis", "Pandion haliaetus", 
#> "Parabuteo leucorrhous", "Parabuteo unicinctus", "Pardirallus maculatus", 
#> "Pardirallus nigricans", "Pardirallus sanguinolentus", "Paroaria capitata", 
#> "Paroaria coronata", "Passer domesticus", "Patagioenas cayennensis", 
#> "Patagioenas maculosa", "Patagioenas picazuro", "Patagioenas speciosa", 
#> "Penelope obscura", "Penelope superciliaris", "Petrochelidon pyrrhonota", 
#> "Phacellodomus ruber", "Phacellodomus rufifrons", "Phacellodomus sibilatrix", 
#> "Phacellodomus striaticollis", "Phaeomyias murina", "Phaethornis eurynome", 
#> "Phaethornis pretrei", "Phaethornis subochraceus", "PhaethornisSubochraceus", 
#> "Phaetusa simplex", "Phalacrocorax brasilianus", "Phalaropus fulicarius", 
#> "Phalaropus tricolor", "Pheucticus aureoventris", "Phibalura flavirostris", 
#> "Philydor atricapillus", "Philydor rufum", "Phimosus infuscatus", 
#> "Phleocryptes melanops", "Phoenicopterus chilensis", "Phyllomyias burmeisteri", 
#> "Phyllomyias fasciatus", "Phyllomyias reiseri", "Phyllomyias virescens", 
#> "Phylloscartes eximius", "Phylloscartes paulista", "Phylloscartes sylviolus", 
#> "Phylloscartes ventralis", "Phytotoma rutila", "Piaya cayana", 
#> "Piculus aurulentus", "Piculus chrysochloros", "Picumnus albosquamatus", 
#> "Picumnus cirratus", "Picumnus temminckii", "Pilherodius pileatus", 
#> "Pionopsitta pileata", "Pionus maximiliani", "Pipile cumanensis", 
#> "Pipile jacutinga", "Pipra fasciicauda", "Pipraeidea melanonota", 
#> "Pipraidea bonariensis", "Piprites chloris", "Piranga flava", 
#> "Pitangus sulphuratus", "Platalea ajaja", "Platyrinchus leucoryphus", 
#> "Platyrinchus mystaceus", "Plegadis chihi", "Pluvialis dominica", 
#> "Pluvialis squatarola", "Podiceps major", "Podiceps occipitalis", 
#> "Podilymbus podiceps", "Poecilotriccus latirostris", "Poecilotriccus plumbeiceps", 
#> "Polioptila dumicola", "Polioptila lactea", "Polystictus pectoralis", 
#> "Polytmus guainumbi", "Poospiza cabanisi", "Poospiza nigrorufa", 
#> "Porphyrio flavirostris", "Porphyrio martinica", "Porphyriops melanops", 
#> "Primolius auricollis", "Primolius maracana", "Procnias nudicollis", 
#> "Progne chalybea", "Progne elegans", "Progne subis", "Progne tapera", 
#> "Psarocolius decumanus", "Pseudastur polionotus", "Pseudocolopteryx acutipennis", 
#> "Pseudocolopteryx dinelliana", "Pseudocolopteryx flaviventris", 
#> "Pseudocolopteryx sclateri", "Pseudoleistes guirahuro", "Pseudoleistes virescens", 
#> "Pseudoseisura lophotes", "Pseudoseisura unirufa", "Psittacara leucophthalmus", 
#> "Pteroglossus bailloni", "Pteroglossus castanotis", "Pulsatrix koeniswaldiana", 
#> "Pulsatrix perspicillata", "Pygochelidon cyanoleuca", "Pygochelidon melanoleuca", 
#> "Pyriglena leuconota", "Pyriglena leucoptera", "Pyrocephalus rubinus", 
#> "Pyroderus scutatus", "Pyrrhura devillei", "Pyrrhura frontalis", 
#> "Pyrrhura molinae", "Ramphastos dicolorus", "Ramphastos toco", 
#> "Ramphocelus carbo", "Ramphotrigon megacephalum", "Rhea americana", 
#> "Rhinocrypta lanceolata", "Rhynchospiza strigiceps", "Rhynchotus rufescens", 
#> "Riparia riparia", "Rollandia rolland", "Rostrhamus sociabilis", 
#> "Rupornis magnirostris", "Rynchops niger", "Saltator aurantiirostris", 
#> "Saltator coerulescens", "Saltator fuliginosus", "Saltator similis", 
#> "Saltatricula atricollis", "Saltatricula multicolor", "Sarcoramphus papa", 
#> "Sarkidiornis melanotos", "Satrapa icterophrys", "Schiffornis virescens", 
#> "Schistochlamys melanopis", "Schoeniophylax phryganophilus", 
#> "Sclerurus scansor", "Selenidera maculirostris", "Serpophaga griseicapilla", 
#> "Serpophaga munda", "Serpophaga nigricans", "Serpophaga subcristata", 
#> "Setopagis parvula", "Setophaga pitiayumi", "Sicalis columbiana", 
#> "Sicalis flaveola", "Sicalis luteola", "Sirystes sibilator", 
#> "Sittasomus griseicapillus", "Spartonoica maluroides", "Spatula cyanoptera", 
#> "Spatula platalea", "Spatula versicolor", "Spinus magellanicus", 
#> "Spizaetus melanoleucus", "Spizaetus ornatus", "Spizaetus tyrannus", 
#> "Spiziapteryx circumcincta", "Sporophila angolensis", "Sporophila bouvreuil", 
#> "Sporophila caerulescens", "Sporophila cinnamomea", "Sporophila collaris", 
#> "Sporophila falcirostris", "Sporophila frontalis", "Sporophila hypochroma", 
#> "Sporophila hypoxantha", "Sporophila iberaensis", "Sporophila leucoptera", 
#> "Sporophila lineola", "Sporophila nigricollis", "Sporophila palustris", 
#> "Sporophila pileata", "Sporophila plumbea", "Sporophila ruficollis", 
#> "Sporophila zelichi", "Stelgidopteryx ruficollis", "Stephanophorus diadematus", 
#> "Stephanoxis loddigesii", "Sterna hirundo", "Sterna paradisaea", 
#> "Sternula superciliaris", "Stigmatura budytoides", "Stilpnia preciosa", 
#> "Streptoprocne zonaris", "Strix chacoensis", "Strix hylophila", 
#> "Sublegatus modestus", "Suiriri suiriri", "Synallaxis albescens", 
#> "Synallaxis albilora", "Synallaxis cinerascens", "Synallaxis frontalis", 
#> "Synallaxis hypospodia", "Synallaxis ruficapilla", "Synallaxis scutata", 
#> "Synallaxis spixi", "Syndactyla dimidiata", "Syndactyla rufosuperciliata", 
#> "Syrigma sibilatrix", "Systellura longirostris", "Tachuris rubrigastra", 
#> "Tachybaptus dominicus", "Tachycineta albiventer", "Tachycineta leucopyga", 
#> "Tachycineta leucorrhoa", "Tachyphonus coronatus", "Tachyphonus rufus", 
#> "Tangara cayana", "Tangara seledon", "Tapera naevia", "Taraba major", 
#> "Tarphonomus certhioides", "Terenura maculata", "Tersina viridis", 
#> "Thalurania furcata", "Thalurania glaucopis", "Thamnophilus caerulescens", 
#> "Thamnophilus doliatus", "Thamnophilus ruficapillus", "Thamnophilus sticturus", 
#> "Thamnophilus torquatus", "Thectocercus acuticaudatus", "Theristicus caerulescens", 
#> "Theristicus caudatus", "Thlypopsis pyrrhocoma", "Thlypopsis sordida", 
#> "Thraupis palmarum", "Thraupis sayaca", "Tiaris fuliginosus", 
#> "Tigrisoma lineatum", "Tinamus solitarius", "Tityra cayana", 
#> "Tityra inquisitor", "Tityra semifasciata", "Todirostrum cinereum", 
#> "Tolmomyias sulphurescens", "Trichothraupis melanops", "Tringa flavipes", 
#> "Tringa melanoleuca", "Tringa solitaria", "Troglodytes aedon", 
#> "Trogon curucui", "Trogon rufus", "Trogon surrucura", "Turdus albicollis", 
#> "Turdus amaurochalinus", "Turdus leucomelas", "Turdus nigriceps", 
#> "Turdus rufiventris", "Tyrannus melancholicus", "Tyrannus savana", 
#> "Tyrannus tyrannus", "Tyto alba", "Vanellus cayanus", "Vanellus chilensis", 
#> "Vireo olivaceus", "Volatinia jacarina", "Vultur gryphus", "Xanthopsar flavus", 
#> "Xenops minutus", "Xenops rutilans", "Xenopsaris albinucha", 
#> "Xiphocolaptes albicollis", "Xiphocolaptes major", "Xiphorhynchus fuscus", 
#> "Xolmis cinereus", "Xolmis coronatus", "Xolmis irupero", "Xolmis velatus", 
#> "Zenaida auriculata", "Zonotrichia capensis"), class = "factor")), row.names = 180:190, class = "data.frame")

BDGP_sample %>% 
  mutate(Especie = as.character(Especie)) %>% 
  filter(Especie %in% species_sample_vct)
#>   Nro               Especie
#> 1 639 Saltator coerulescens

Created on 2019-09-05 by the reprex package (v0.3.0)

I don't understand why works for you guys and not for me :frowning:

13

Any chance you could provide a link to your csv files so we can try to reproduce your exact workflow?

14

https://drive.google.com/drive/folders/1fNCFoV9vcDjJQXxAvWf0G95W29ltstDr?usp=sharing

This works?

15

Ok I found the problem, your file clements-sample.csv has a "latin1" encoding and includes a rare non-breaking space character \xa0 if I remove this character, it works as expected.

I suppose you don't get to see it, because, since you speak spanish, very likely your OS is using the same encoding, so for you, it just looks like a regular empty space with nothing special about it.

library(dplyr)

species_sample<-read.csv("clements-sample.csv", header = FALSE, skip = 1)
species_sample_mtx<-as.matrix(species_sample)
species_sample_vct<-as.vector(species_sample_mtx)
species_sample_vct <- stringr::str_replace(species_sample_vct, "\xa0", " ")

BDGP<-read.csv("BDGP1.csv", header = TRUE)
BDGP_select <- select(BDGP, Nro, Especie)
BDGP_sample <- BDGP_select[c(180:190),]

BDGP_sample %>%
    mutate(Especie = as.character(Especie)) %>% 
    filter(Especie %in% species_sample_vct)
#>   Nro               Especie
#> 1 639 Saltator coerulescens
#> 2 700 Leistes superciliaris
7 Likes
16

Now it works! Thank you very much for your time

17

This topic was automatically closed 7 days after the last reply. New replies are no longer allowed.