Hi everyone, I am dealing with the following dataset (in dput format below)
structure(list(ID = c("16323", "16324", "16325", "16326", "16327",
"16328", "16329", "16330", "16331", "16332", "16333", "16334",
"16335", "16336", "16337", "16338", "16339", "16340", "16341",
"16342", "16343", "16344", "16345", "16346", "16347", "16348",
"16349", "16350", "16351", "16352", "16353", "16354", "16355",
"16356", "16357", "16358", "16359", "16360", "16361", "16362",
"16363", "16364", "16365", "16366", "16367", "16368", "16369",
"16370", "16371", "16372"), Case.Number = c("2020M0002", "2020M0004",
"2020M0006", "2020M0013", "2020M0020", "2020M0022", "2020M0023",
"2020M0024", "2020M0032", "2020M0036", "2020M0043", "2020M0044",
"2020M0057", "2020M0058", "2020M0063", "2020M0066", "2020M0071",
"2020M0073", "2020M0074", "2020M0075", "2020M0076", "2020M0081",
"2020M0083", "2020M0087", "2020M0095", "2020M0097", "2020M0099",
"2020M0100", "2020M0101", "2020M0103", "2020M0106", "2020M0112",
"2020M0114", "2020M0115", "2020M0123", "2020M0128", "2020M0129",
"2020M0138", "2020M0145", "2020M0151", "2020M0169", "2020M0179",
"2020M0182", "2020M0188", "2020M0191", "2020M0192", "2020M0199",
"2020M0201", "2020M0204", "2020M0206"), District = c("2", "3",
"2", "2", "2", "2", "2", "3", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "3", "2",
"2", "2", "2", "3", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "3", "2", "2", "2"), Month = c("1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "4", "4", "4", "4", "4", "4", "4"), County = c("65",
"61", "20", "20", "37", "37", "37", "34", "33", "37", "61", "37",
"37", "37", "37", "37", "37", "37", "33", "33", "33", "61", "37",
"65", "65", "37", "61", "20", "37", "37", "39", "61", "37", "62",
"40", "37", "37", "37", "37", "65", "37", "62", "37", "37", "37",
"33", "61", "37", "37", "19"), Manner.of.Death = c("A", "A",
"A", "A", "A", "A", "S", "N", "A", "A", "A", "A", "A", "H", "A",
"A", "A", "A", "S", "A", "A", "A", "H", "N", "N", "A", "S", "A",
"A", "A", "A", "A", "A", "S", "N", "N", "A", "U", "A", "N", "H",
"S", "S", "H", "N", "A", "S", "N", "A", "A"), Cause.of.Death = c("AUTO ACCIDENT - PASSENGER; POSITIONAL ASPHYXIATION;",
"HYPERTENSIVE CARDIOVASCULAR DISEASE; MASSIVE INTRACEREBRAL HEMORRHAGE; METHAMPHETAMINE USE; MARKED CARDIOMEGALY;",
"FIRE, DWELLING; INHALATION OF PRODUCTS OF COMBUSTION; OBESITY; BETA-THALESSEMIA MINOR; MILD CARDIOMEGALY;",
"ACUTE METHAMPHETAMINE INTOXICATION; ACUTE COCAINE INTOXICATION; RUPTURED CEREBRAL ARTERY BERRY ANEURYSM; SUBDURAL AND SUBARACHNOID HEMORRHAGE;",
"HYPERLIPIDEMIA; COCAINE ABUSE; CHRONIC ETHANOLISM; ACUTE METHAMPHETAMINE INTOXICATION; COPD;",
"CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE; SUDDEN DEATH; HYPERLIPIDEMIA; HYPERTENSION; GERD; SYNTHETIC CANNABINOID (4F-MDMB-BINACA); SYNTHETIC CANNABINOID TOXICITY (5F-MDMB-PICA);",
"GUNSHOT WOUND OF HEAD;", "CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE; SUDDEN CARDIAC DEATH; PULMONARY EMPHYSEMA;",
"SYNTHETIC CANNABINOID TOXICITY; SYNTHETIC CATHINONE TOXICITY; N-ETHYLPENTYLONE; ADB-FUBINACA; MDMB-FUBINACA;",
"AUTO ACCIDENT - PEDESTRIAN; MULTIPLE BLUNT TRAUMATIC INJURIES;",
"COMBINED TOXIC EFFECTS OF:; ALPRAZOLAM; HYPERTENSION; ETHANOL; HYDROCODONE; OBESITY; CITALOPRAM; CHRONIC ETHANOL ABUSE;",
"FIRE, DWELLING; CARBON MONOXIDE POISONING; SMOKE AND HEAT INHALATION;",
"MORBID OBESITY; NON-TRAUMATIC SEIZURE DISORDER; ELECTROLYTE IMBALANCE; POST-OPERATIVE ILEUS; MULTIPLE SURGERIES; EXTREMITIY INJURIES; AUTO ACCIDENT - DRIVER;",
"BLUNT HEAD TRAUMA;", "ACUTE METHAMPHETAMINE INTOXICATION;",
"BUPROPION TOXICITY; COMBINED TOXIC EFFECTS OF:; ALPRAZOLAM; FENTANYL;",
"COMPLICATIONS OF; ANOXIC ENCEPHALOPATHY; CARDIOPULMONARY ARREST; CHOKED ON FOOD; ACUTE ETHANOLISM; ACUTE ASPIRATION; PNEUMONIA;",
"COMBINED TOXIC EFFECTS OF:; FENTANYL; AMPHETAMINE; METHAMPHETAMINE; 4-ANPP TOXICITY; FLUOXETINE;",
"GUNSHOT WOUND OF HEAD;", "SYNTHETIC CANNABINOID TOXICITY; 5-FLUORO-MDMB-PICA;",
"CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE; COMBINED TOXIC EFFECTS OF:; HEROIN; FENTANYL; NORDIAZEPAM;",
"METHAMPHETAMINE TOXICITY;", "STAB WOUND OF CHEST;", "FAILURE TO THRIVE; HYPERLIPIDEMIA; HYPERTENSION; PARKINSON'S; NON-TRAUMATIC SEIZURE DISORDER;",
"SUDDEN CARDIAC DEATH; HYPERTENSIVE CARDIOVASCULAR DISEASE; CHRONIC PULMONARY EMPHYSEMA; HEPATIC CIRRHOSIS; OBESITY;",
"INTRACEREBRAL HEMORRHAGE; HYPERTENSIVE CARDIOVASCULAR DISEASE; COCAINE USE;",
"GUNSHOT WOUND OF CHEST;", "BLUNT-FORCE TORSO TRAUMA; THERMAL TRAUMA; AUTO ACCIDENT - PASSENGER;",
"BLUNT-FORCE TORSO TRAUMA; AUTO ACCIDENT - DRIVER;", "SUDDEN CARDIAC DEATH; ISCHEMIC CARDIAC DISEASE; CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE; COCAINE ABUSE; INSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS;",
"SYNTHETIC CANNABINOID TOXICITY; 5-FLUORO-MDMB-PICA;", "COMBINED DRUG TOXICITY; METHAMPHETAMINE TOXICITY; HEROIN TOXICITY;",
"COMPLICATIONS OF; ANOXIC ENCEPHALOPATHY; BLUNT-FORCE HEAD TRAUMA; ACUTE ETHANOL INTOXICATION;",
"GUNSHOT WOUND OF HEAD;", "ACUTE MYOCARDIAL INFARCTION; CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE; HYPERLIPIDEMIA; HYPERTENSION; CHRONIC ETHANOLISM; PULMONARY EMPHYSEMA; ARTHRITIS;",
"SUDDEN CARDIAC DEATH; CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE;", "AUTO ACCIDENT - MOTORCYCLE; TRAUMATIC BRAIN INJURY; BLUNT HEAD TRAUMA;",
"BLUNT-FORCE HEAD TRAUMA;", "MULTI-DRUG INTOXICATION;", "SUDDEN CARDIAC DEATH; HYPERTENSIVE CARDIOVASCULAR DISEASE; PULMONARY EMPHYSEMA; CHRONIC DRUG USE;",
"GUNSHOT WOUNDS OF CHEST/ABDOMEN; GUNSHOT WOUND OF NECK; GUNSHOT WOUND OF EXTREMITY;",
"CONTACT GUNSHOT WOUND OF HEAD;", "GUNSHOT WOUND OF HEAD;", "MULTIPLE GUNSHOT WOUNDS; GUNSHOT WOUND OF NECK; GUNSHOT WOUND OF LEFT THIGH; GUNSHOT WOUND OF TORSO;",
"SUDDEN CARDIAC DEATH; CORONARY ATHEROSCLEROTIC DISEASE; HYPERTENSION;",
"TOXIC EFFECTS OF:; SYNTHETIC CANNABINOID TOXICITY; 5-FLUORO-MDMB-PICA;",
"GUNSHOT WOUND OF HEAD;", "SUDDEN CARDIAC DEATH; HYPERTENSIVE CARDIOVASCULAR DISEASE;",
"ASPHYXIATION WHILE BEDSHARING WITH ADULTS; ACCIDENT, OTHER; (AGE = 2 MONTHS)",
"SYNTHETIC CANNABINOID TOXICITY;"), Age = c("17", "58", "56",
"36", "60", "55", "65", "47", "45", "26", "56", "54", "39", "28",
"45", "20", "38", "39", "41", "43", "63", "43", "59", "71", "65",
"65", "68", "72", "76", "49", "67", "31", "68", "69", "55", "60",
"30", "44", "51", "40", "40", "59", "21", "20", "35", "63", "25",
"41", "0", "56"), Sex = c("F", "M", "M", "M", "M", "M", "M",
"M", "M", "M", "F", "M", "F", "M", "F", "M", "F", "M", "M", "M",
"M", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "M", "M", "F", "M", "M", "F",
"M", "M", "F", "M", "M", "M", "M", "M", "F", "M", "M", "F", "M",
"M", "F", "M", "M"), Race = c("W", "W", "B", "W", "W", "W", "W",
"W", "W", "B", "W", "W", "B", "W", "W", "W", "W", "W", "W", "B",
"W", "W", "B", "W", "W", "B", "W", "B", "B", "W", "H", "W", "W",
"W", "W", "W", "W", "W", "W", "W", "H", "W", "B", "B", "W", "B",
"W", "B", "B", "B"), Alprazolam = c("", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "C", "", "", "", "", "C", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Amphetamine = c("P",
"", "", "P", "P", "", "", "", "P", "", "", "P", "", "P", "P",
"", "", "P", "P", "", "", "C", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "P", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "", "",
"", "", "", "", ""), Buprenorphine = c("", "", "", "P", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Cannabinoids = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
""), CarisoprodolMeprobamate = c("", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Cathinones = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "C", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", ""), Chlordiazepoxide = c("", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "P", "", "", "", "", "", "", "", ""), Clonazepam = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P",
"", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "P",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "",
"", "", ""), Cocaine = c("", "", "", "C", "P", "", "", "", "P",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"C", "", "", "", "C", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Codeine = c("", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "",
"", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", ""), Diazepam = c("", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", ""), Ethanol = c("", "", "", "",
"", "", "", "P", "", "P", "C", "", "", "", "", "", "C", "", "P",
"", "P", "", "P", "", "", "", "", "P", "P", "", "", "", "C",
"P", "P", "", "", "P", "C", "", "P", "P", "P", "", "", "", "P",
"P", "", ""), Fentanyl = c("", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "C", "", "C", "", "", "C", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "C",
"P", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", ""), FentanylAnalogs = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"P", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", ""), Gabapentin = c("", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), GHB = c("", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""),
HallucinogenicPhenethylaminesPiperazine = c("", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
""), HallucinogenicTryptamines = c("", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""),
HalogenatedInhalants = c("", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Heroin = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "C", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "C", "", "", "", "", "P", "", "", "P", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", ""), HydrocarbonInhalants = c("", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", ""), Hydrocodone = c("", "", "P", "", "", "", "P",
"", "", "", "C", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""),
Hydromorphone = c("", "", "", "", "", "", "P", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "P", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Ketamine = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", ""), Lorazepam = c("", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "P", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", ""),
Methadone = c("", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Methamphetamine = c("P",
"C", "", "C", "C", "", "", "", "", "", "", "P", "", "", "C",
"", "", "C", "P", "", "", "C", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "C", "", "", "", "", "", "", "C", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", ""), Midazolam = c("", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
""), Mitragynine = c("", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Morphine = c("",
"", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "P", "", "",
"", "", "", "", "", "P", "P", "", "P", "", "", "", "", "",
"", "", "C", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", ""), Nordiazepam = c("", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "C", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "",
"", "", "", ""), Oxazepam = c("", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "P",
"", "", "", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "", "",
""), Oxycodone = c("", "", "", "", "", "", "P", "", "P",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "", "P", "P", "",
"", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", ""), Oxymorphone = c("",
"", "", "", "", "", "P", "", "P", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "P", "", "", "", "", "", "",
"P", "", "", "", "", "", ""), PCPandPCPAnalogs = c("", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", ""), SympathomimeticAmines = c("", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""
), SyntheticCannabinoids = c("", "", "", "", "", "C", "",
"", "C", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "C", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "C", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "C", "", "", "",
"C"), Temazepam = c("", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Tramadol = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "P", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", ""), U47700 = c("", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", ""), Zolpidem = c("",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", ""), IllicitFentanyl = c("", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "UNKNOWN", "", "UNKNOWN",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "",
"", "")), row.names = c(NA, 50L), class = "data.frame")
What I would like to do is filter the data so that I only count rows where 'fentanyl ="C"' "cocaine = "P", and there are NO "Cs" or "Ps" in the other drug columns. I am having a surprising degree of trouble with this. Any thoughts?