Cannot remove NA values on ggplot

Mailys · April 3, 2023, 2:26pm

Hey! I wrote this code that results in a bar plot; the dataset is an excel chart with NA values. I have tried many iterations of na.omit or na.drop in many different parts of my code, but it always yields a barplot with NA columns. I copied my code below.

library(readxl)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(multcompView)
fish<-read_excel("C:\Users\Mailys\Documents\Honours\fish.xlsx")
fish<-na.omit(fish)


```{r factors}
fish$Species<-as.factor(fish$Species)
fish$Topo9<-as.factor(fish$Topo9)
str(fish)

anova<-aov(Rate~Species*Topo9, data = fish)
summary(anova)

anova_summary<-group_by(fish,Species,Topo9)%>%
summarize(mean=mean(Rate),sd=sd(Rate))%>%
arrange(desc(mean))
print(anova_summary)

tukey<-TukeyHSD(anova)
print(tukey)

b<-ggplot(anova_summary, aes(x=factor(Species),y=mean,fill=Topo9,color=Topo9))+geom_bar(stat = "identity", position = "dodge", alpha=0.5)+geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd, ymax=mean+sd),position = position_dodge(0.9), width=0.25)+labs(x="Species", y="Bite Rate")+theme_bw()+theme(panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank())
ggsave("barplot1.png", width=4, height=3, dpi=1000)
print(b)

FJCC · April 3, 2023, 2:49pm

Please post the output of

dput(fish)

using the version of fish that is passed to the aov() function.

Mailys · April 4, 2023, 3:43pm

Hey, here it is
tibble [296 × 34] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
Date : POSIXct[1:296], format: "2022-05-22" "2022-05-23" "2022-05-23" ... Species : Factor w/ 3 levels "p","q","s": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
Phase : chr [1:296] "i" "i" "i" "i" ... Size : num [1:296] 35 40 35 35 45 35 30 35 40 35 ...
Seg1 : num [1:296] 3 8 0 12 10 10 18 21 10 8 ... Topo1 : chr [1:296] "2" "1" "NA" "2" ...
Reef1 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ... Seg2 : chr [1:296] "2" "3" "5" "10" ...
Topo2 : chr [1:296] "2" "2" "3" "2" ... Reef2 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ...
Seg3 : chr [1:296] "0" "4" "6" "12" ... Topo3 : chr [1:296] "NA" "2" "1" "2" ...
Reef3 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ... Seg4 : chr [1:296] "4" "5" "18" "14" ...
Topo4 : chr [1:296] "2" "2" "1" "2" ... Reef4 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ...
Seg5 : chr [1:296] "2" "5" "3" "18" ... Topo5 : chr [1:296] "2" "2" "1" "2" ...
Reef5 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ... Seg6 : chr [1:296] "2" "10" "0" "11" ...
Topo6 : chr [1:296] "2" "2" "1" "2" ... Reef6 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ...
Seg7 : chr [1:296] "5" "4" "6" "8" ... Topo7 : chr [1:296] "2" "2" "1" "2" ...
Reef7 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ... Seg8 : chr [1:296] "1" "7" "1" "16" ...
Topo8 : chr [1:296] "2" "2" "1" "1" ... Reef8 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ...
Seg9 : chr [1:296] "0" "3" "5" "15" ... Topo9 : Factor w/ 4 levels "1","2","3","NA": 4 2 1 2 2 1 1 2 2 2 ...
Reef9 : chr [1:296] "b" "g" "g" "s" ... Duration: num [1:296] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
Tot : num [1:296] 19 49 44 116 52 87 83 138 66 52 ... Rate : num [1:296] 0.106 0.272 0.244 0.644 0.289 ...

attr(, "na.action")= 'omit' Named int [1:3] 143 150 151
..- attr(, "names")= chr [1:3] "143" "150" "151"
```
        Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
```

Species 2 2.763 1.3813 93.024 < 2e-16 *
Topo9 3 0.668 0.2227 14.995 4.36e-09 *
Species:Topo9 6 0.091 0.0151 1.017 0.414
Residuals 284 4.217 0.0148

Signif. codes: 0 ‘’ 0.001 ‘’ 0.01 ‘’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

jrkrideau · April 4, 2023, 5:13pm

That is not the dput() output. I think it is from str() or glimpse()

Here is a very simple example of how to do it.

dat <- data.frame(xx = 1:10, yy = letters[1:10])

dput(dat)

This gives us

structure(list(xx = 1:10, yy = c("a", "b", "c", "d", "e", "f", 
                                 "g", "h", "i", "j")), class = "data.frame", row.names = c(NA,  -10L))

We can then copy it into R

my_dat  <- structure(list(xx = 1:10, yy = c("a", "b", "c", "d", "e", "f", 
                                            "g", "h", "i", "j")), class = "data.frame", row.names = c(NA,  -10L))

and we have an exact copy of your data.

nirgrahamuk · April 4, 2023, 5:32pm

There are clear examples of string literals that are the letters N followed by A, and this is quite different from an NA value

Mailys · April 5, 2023, 6:49pm

Ok thanks, what notation should I use for R to treat them as na values?

Mailys · April 5, 2023, 7:42pm

Ok, it's quite long but I have it here:

dput(fish)
structure(list(Date = structure(c(1653177600,1654214400), tzone = "UTC", class = c("POSIXct",
"POSIXt")), Species = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L), levels = c("p", "q", "s"), class = "factor"), Phase = c("i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t"), Size = c(35, 40,
35, 35, 45, 35, 30, 35, 40, 35, 30, 35, 30, 30, 30, 30, 35, 35,
35, 40, 35, 30, 30, 30, 35, 35, 30, 40, 35, 35, 30, 35, 35, 35,
40, 40, 30, 35, 40, 40, 50, 35, 35, 40, 35, 35, 35, 35, 40, 25,
35, 35, 30, 35, 30, 35, 35, 35, 35, 30, 30, 30, 35, 40, 45, 50,
40, 45, 40, 45, 40, 45, 45, 45, 45, 45, 40, 45, 45, 35, 35, 40,
40, 45, 45, 40, 40, 40, 50, 45, 45, 50, 50, 45, 40, 45, 45, 45,
15, 50, 50, 45, 60, 50, 60, 55, 55, 55, 65, 50, 60, 70, 70, 55,
50, 60, 60, 70, 45, 75, 75, 45, 55, 50, 55, 70, 70, 75, 50, 70,
75, 65, 80, 60, 70, 80), Seg1 = c(3, 8, 0, 12, 10, 10, 18, 21,
10, 8, 2, 3, 7, 10, 7, 2, 0, 7, 11, 11, 9, 6, 5, 9, 2, 2, 0,
10, 10, 12, 4, 0, 2, 7, 9, 0, 9, 14, 14, 12, 10, 4, 7, 3, 13,
0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 4, 2, 3, 1, 5, 2, 0, 0, 0, 2,
2, 0, 0, 5, 0, 0, 6, 5, 0, 5, 0, 0, 1, 8, 7, 10, 3, 2, 4, 4,
0, 0, 5, 6, 9, 0, 0, 5, 6, 7, 2), Topo1 = c("2", "1", "NA", "2",
"1", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1",
"1", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "2", "2",
"2", "1", "NA", "2", "2", "1", "NA", "2", "2", "3", "2", "2",
"2", "2", "2", "1", "1", "NA", "2", "1", "3", "3", "2", "2",
"2", "2", "1", "NA", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "1",
"2", "3", "NA", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "1", "NA", "2",
"2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "NA", "3", "2", "2",
"1", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "NA", "2", "1", "2", "1",
"2", "2", "2", "NA", "1", "2", "2", "NA", "1", "NA", "2", "2",
"NA", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "NA",
"2", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "NA",
"NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA", "3", "2", "2", "NA", "NA",
"1", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "1",
"1", "1", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "NA", "2", "NA", "NA",
"2", "NA", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "NA", "2", "2", "2",
"NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "2",
"2", "NA", "2", "NA", "NA", "NA", "2", "2", "2", "NA", "NA",
"NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "NA",
"NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "NA", "NA",
"NA", "2", "2", "NA", "NA", "3", "NA", "NA", "2", "2", "NA",
"2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "2", "NA",
"NA", "2", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "2"), Reef1 = c("b",
"g", "g", "s", "c", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b",
"b", "c", "b", "s", "b", "g", "s", "c", "c", "g", "c", "c", "c",
"s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "c", "s", "s",
"s", "c", "c", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "c",
"s", "s", "g", "c", "s", "c", "c", "c", "b", "g", "s", "s", "c",
"c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c", "s",
"c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g", "s", "s",
"g", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "s", "g", "s",
"s", "c", "b", "s", "c", "s", "g", "g", "c", "b", "s", "s", "c",
"b", "s", "s", "c", "s", "c", "b", "b", "s", "c", "b", "s", "c",
"b", "c", "s", "c", "c", "s", "g", "c", "s", "c", "c", "c", "c",
"c", "s", "s", "c", "c", "c", "s", "g", "s", "c", "s", "s", "g",
"s", "c", "g", "g", "g", "b", "c", "s", "b", "s", "c", "s", "s",
"s", "c", "c", "b", "c", "b", "s", "s", "g", "g", "s", "s", "s",
"s", "a", "s", "s", "c", "c", "s", "s", "c", "c", "b", "g", "s",
"s", "s", "g", "g", "b", "s", "s", "c", "c", "s", "s", "g", "g",
"g", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "g",
"s", "s", "s", "c", "c", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c",
"s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "s", "c", "g", "g",
"g", "g", "g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "s",
"c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "s", "s",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "s", "s", "g",
"s", "c", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg2 = c("2", "3",
"5", "10", "12", "14", "14", "12", "10", "3", "15", "6", "2",
"11", "0", "3", "9", "4", "13", "2", "5", "3", "12", "5", "2",
"7", "0", "2", "7", "8", "8", "5", "19", "8", "9", "11", "7",
"6", "11", "5", "9", "0", "11", "9", "13", "6", "1", "14", "9",
"11", "NA", "15", "4", "1", "6", "13", "2", "1", "7", "1", "10",
"11", "9", "14", "4", "0", "3", "0", "3", "5", "1", "5", "1",
"0", "5", "17", "7", "0", "7", "9", "12", "12", "10", "0", "13",
"0", "8", "0", "3", "1", "10", "7", "0", "7", "12", "0", "0",
"8", "14", "0", "7", "13", "1", "9", "6", "21", "2", "2", "5",
"12", "7", "10", "0", "4", "4", "0", "3", "2", "0", "4", "12",
"0", "5", "3", "0", "6", "0", "6", "0", "2", "2", "7", "5", "15",
"0", "0", "3", "1", "14", "0", "2", "0", "6", "8", "2", "2",
"11", "7", "5", "0", "6", "9", "0", "0", "21", "6", "0", "16",
"0", "5", "0", "9", "0", "0", "7", "5", "0", "0", "7", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "4", "0", "0", "3", "1", "8",
"0", "14", "10", "5", "1", "1", "0", "0", "13", "0", "3", "5",
"0", "0", "2", "10", "0", "1", "0", "5", "0", "3", "8", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "2", "0", "0", "1", "3", "0", "0", "1",
"1", "0", "1", "3", "0", "4", "3", "0", "5", "5", "3", "0", "0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2", "1", "2", "4", "1", "3",
"3", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "1", "2", "0", "3", "1",
"0", "0", "1", "0", "2", "0", "2", "3", "7", "1", "0", "5", "6",
"1", "1", "0", "2", "0", "6", "3", "2", "1", "0", "3", "0", "0",
"4", "0", "3", "0", "0", "2", "1", "5", "0", "1"), Topo2 = c("2",
"2", "3", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "2",
"NA", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "2",
"NA", "2", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "NA", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "3",
"NA", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "1", "NA", "2", "NA", "2", "1", "2", "1", "2", "NA",
"2", "1", "2", "NA", "3", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "NA",
"3", "NA", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "NA", "2",
"2", "NA", "1", "3", "NA", "3", "1", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "NA", "1", "1", "NA", "1", "2", "NA", "2", "2", "NA",
"2", "2", "NA", "2", "NA", "2", "NA", "2", "2", "2", "2", "1",
"NA", "NA", "2", "1", "1", "NA", "2", "NA", "2", "2", "2", "2",
"1", "2", "2", "NA", "2", "3", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "2",
"NA", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "1", "2", "NA", "NA", "3",
"NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "1", "NA",
"NA", "1", "3", "1", "NA", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA",
"2", "NA", "2", "2", "NA", "NA", "1", "2", "NA", "2", "NA", "2",
"NA", "2", "2", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA",
"NA", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "2",
"2", "NA", "2", "2", "2", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA",
"NA", "NA", "NA", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "2",
"NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA",
"NA", "3", "NA", "2", "NA", "2", "2", "2", "3", "NA", "2", "2",
"2", "2", "NA", "2", "NA", "2", "2", "2", "2", "NA", "3", "NA",
"NA", "3", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "NA", "2"),
Reef2 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b", "c", "s", "s", "s",
"c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s", "b", "g", "s", "c",
"c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s",
"b", "s", "s", "c", "s", "c", "b", "b", "s", "c", "b", "s",
"c", "b", "c", "s", "c", "c", "s", "g", "c", "s", "c", "c",
"c", "c", "c", "s", "s", "c", "c", "c", "s", "g", "s", "c",
"s", "s", "g", "s", "c", "g", "g", "g", "b", "c", "s", "b",
"s", "c", "s", "s", "s", "c", "c", "b", "c", "b", "s", "s",
"g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "c", "s",
"s", "c", "c", "b", "g", "s", "s", "s", "g", "g", "b", "s",
"s", "c", "c", "s", "s", "g", "g", "g", "s", "s", "s", "s",
"s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "g", "s", "s", "s", "c",
"s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "s", "c",
"s", "s", "s", "s", "s", "g", "s", "c", "g", "g", "g", "g",
"g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "s", "c",
"s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "s", "s",
"s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "s", "s",
"g", "s", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg3 = c("0",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "2", "0", "5", "6", "3",
"8", "0", "14", "0", "6", "1", "1", "0", "0", "1", "0", "0",
"0", "3", "6", "12", "2", "0", "0", "0", "3", "0", "1", "4",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "6", "2", "2", "0",
"0", "1", "0", "0", "2", "3", "0", "4", "0", "1", "1", "2",
"2", "0", "0", "0", "4", "1", "3", "3", "2", "0", "1", "0",
"2", "4", "0", "1", "5", "0", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"3", "0", "0", "3", "4", "1", "0", "1", "0", "2", "0", "0",
"6", "3", "2", "0", "2", "3", "3", "2", "0", "4", "4", "1",
"5", "7", "7", "0", "0", "5", "0", "1", "4", "5", "2", "0",
"2", "3", "6", "2", "6"), Topo3 = c("NA", "2", "1", "2",
"1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "1", "3",
"2", "2", "3", "NA", "2", "NA", "1", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "NA", "NA",
"3", "2", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "NA", "1", "1", "2",
"2", "1", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "1", "2", "1",
"2", "1", "2", "2", "3", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "2",
"3", "2", "2", "2", "2", "3", "NA", "2", "2", "2", "2", "2",
"NA", "2", "2", "3", "NA", "3", "2", "NA", "2", "2", "2",
"NA", "1", "1"
"s", "s", "g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c",
"c", "s", "s", "c", "c", "b", "g", "s", "s", "s", "g", "g",
"b", "s", "s", "c", "c", "s", "s", "g", "g", "g", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "g", "s", "s",
"s", "c", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "s",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "s", "c", "g", "g",
"g", "g", "g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "g",
"s", "s", "g", "s", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "s", "s"
), Seg4 = c("4", "5", "18", "14", "7", "1", "12", "18", "8",
"11", "6", "0", "4", "15", "10", "8", "1", "6", "15", "14",
"11", "3", "10", "4", "11", "1", "6", "7", "13", "10", "3",
"2", "11", "8", "3", "2", "13", "5", "9", "10", "13", "0",
"NA", "8", "9", "12", "5", "6", "9", "16", "10", "21", "13",
"7", "NA", "8", "6", "2", "1", "0", "18", "10", "9", "3",
"5", "0", "10", "12", "3", "2", "9", "5", "0", "7", "4",
"1", "0", "10", "9", "6", "10", "2", "8", "7", "5", "10",
"2", "13", "7", "10", "13", "9", "3", "1", "0", "21", "4",
"6", "0", "0", "11", "0", "3", "14", "21", "0", "15", "1",
"0", "4", "12", "11", "0", "8", "4", "0", "13", "8", "0",
"21", "3", "9", "0", "10", "0", "1", "1", "6", "0", "1",
"3", "13", "5", "5", "0", "5", "13", "13", "16", "0", "2",
"5", "18", "1", "4", "8", "4", "3", "NA", "NA", "9", "0",
"0", "7", "18", "7", "0", "25", "NA", "NA", "0", "9", "4",
"0", "0", "0", "0", "0", "7", "3", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "0", "7", "7", "0", "3", "12", "0", "0", "12",
"1", "8", "5", "4", "1", "0", "12", "0", "2", "4", "4", "6",
"0", "3", "7", "13", "0", "6", "4", "0", "8", "2", "0", "0",
"3", "0", "0", "2", "0", "9", "0", "0", "0", "0", "1", "4",
"0", "4", "2", "0", "2", "NA", "NA", "2", "0", "2", "8",
"0", "0", "3", "2", "2", "0", "0", "0", "2", "0", "4", "3",
"0", "2", "2", "0", "0", "0", "0", "2", "0", "0", "1", "2",
"0", "1", "3", "3", "0", "4", "0", "6", "0", "0", "1", "0",
"1", "0", "3", "5", "1", "5", "0", "5", "1", "2", "3", "4",
"1", "0", "1", "0", "0", "1", "4", "5", "2", "0", "0", "9",
"6", "7", "4"), Topo4 = c("2", "2", "1", "2", "1", "1", "1",
"2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "1", "3", "2", "2", "3",
"2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "1",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA",
"2", "2", "2", "1", "2", "2", "3", "3", "3", "2", "2", "NA",
"1", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "2", "2", "NA",
"2", "1", "2", "2", "1", "1", "NA", "2", "2", "1", "2", "2",
"2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "2", "NA", "NA", "3",
"NA", "NA", "3", "2", "NA", "2", "2", "NA", "3", "2", "3",
"NA", "2", "1", "NA", "1", "1", "NA", "1", "2", "2", "NA",
"2", "NA", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "2", "1",
"NA", "2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2",
"NA", "2", "NA", "NA", "NA", "1", "NA", "NA", "NA", "NA",
"NA", "NA", "3", "2", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA",
"NA", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "NA", "2", "NA", "2", "2", "2", "2",
"NA", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA",
"NA", "2", "NA", "NA", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "NA",
"NA", "2", "2", "NA", "3", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "2",
"NA", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "NA", "NA", "NA",
"2", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "2", "NA", "NA",
"2", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "1", "2", "2", "NA", "3",
"NA", "1", "NA", "NA", "2", "3", "3", "NA", "2", "2", "2",
"2", "NA", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "3", "NA",
"NA", "3", "3", "2", "2", "NA", "NA", "2", "3", "2", "2"),
Reef4 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b", "c", "s", "s", "s",
"c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s", "b", "g", "s", "c",
"c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s",
"s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "NA", "b", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "g", "g", "b", "s", "s", "g", "c", "s",
"c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c", "c", "s", "c", "b",
"s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s",
"s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g", "s", "s", "g", "c",
"s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "s", "g", "s", "s",
"c", "b", "s", "c", "s", "g", "g", "c", "b", "s", "s", "c",
"b", "s", "s", "c", "s", "c", "b", "b", "s", "c", "b", "s",
"c", "b", "c", "s", "c", "x", "s", "g", "c", "s", "c", "c",
"c", "c", "c", "s", "s", "c", "NA", "NA", "s", "g", "s",
"c", "s", "s", "g", "s", "c", "NA", "g", "g", "c", "c", "s",
"b", "s", "c", "s", "s", "s", "c", "c", "b", "c", "b", "s",
"s", "g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "c",
"s", "s", "c", "c", "b", "g", "s", "s", "s", "g", "g", "b",
"s", "s", "c", "c", "s", "s", "g", "g", "g", "s", "s", "s",
"s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "g", "s", "s", "s",
"c", "s", "NA", "NA", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "s",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "s", "c", "g", "g",
"g", "g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "g",
"s", "s", "g", "s", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "s", "s"
), Seg5 = c("2", "5", "3", "18", "3", "14", "5", "18", "12",
"7", "4", "0", "3", "13", "13", "13", "12", "10", "7", "5",
"5", "7", "12", "3", "4", "15", "9", "8", "21", "14", "3",
"2", "3", "0", "4", "11", "13", "10", "6", "13", "8", "5",
"NA", "0", "16", "8", "11", "11", "3", "0", "11", "3", "7",
"12", "7", "22", "3", "NA", "12", "0", "11", "0", "1", "2",
"1", "3", "6", "0", "8", "9", "4", "1", "6", "11", "8", "9",
"9", "8", "4", "5", "4", "4", "12", "0", "4", "3", "0", "13",
"0", "0", "2", "14", "0", "1", "0", "2", "5", "3", "4", "8",
"16", "NA", "4", "26", "2", "15", "3", "13", "7", "3", "6",
"12", "0", "8", "10", "0", "7", "11", "18", "18", "11", "5",
"0", "0", "0", "3", "1", "7", "0", "0", "8", "0", "14", "5",
"NA", "9", "13", "8", "1", "NA", "1", "12", "14", "2", "1",
"2", "0", "0", "NA", "NA", "10", "0", "11", "0", "11", "3",
"0", "NA", "NA", "NA", "3", "10", "0", "3", "3", "0", "0",
"0", "0", "2", "0", "2", "4", "0", "0", "1", "0", "0", "12",
"0", "0", "3", "4", "0", "2", "4", "11", "3", "4", "10",
"0", "0", "1", "0", "5", "7", "0", "8", "2", "4", "0", "7",
"0", "3", "9", "3", "8", "1", "0", "0", "0", "0", "0", "0",
"0", "0", "1", "7", "0", "0", "1", "1", "0", "4", "4", "0",
"4", "NA", "NA", "2", "0", "3", "4", "0", "0", "3", "1",
"1", "1", "0", "0", "0", "0", "8", "0", "0", "1", "0", "0",
"2", "3", "0", "0", "1", "0", "4", "0", "0", "0", "5", "3",
"0", "3", "0", "0", "0", "0", "5", "4", "0", "0", "3", "2",
"4", "5", "0", "2", "1", "0", "2", "0", "5", "2", "5", "0",
"1", "2", "0", "2", "3", "1", "0", "5", "5", "5", "8"), Topo5 = c("2",
"2", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "NA", "2",
"2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "1", "2", "1", "2",
"2", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "1", "1", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "1",
"2", "2", "2", "1", "3", "2", "1", "2", "1", "2", "2", "NA",
"2", "3", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "3", "2", "2",
"2", "2", "2", "3", "2", "3", "NA", "2", "1", "NA", "1",
"1", "2", "1", "2", "2", "NA", "NA", "NA", "2", "2", "2",
"NA", "NA", "2", "NA", "2", "1", "NA", "2", "1", "1", "2",
"NA", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "NA", "NA",
"2", "NA", "2", "NA", "2", "2", "NA", "NA", "NA", "NA", "2",
"1", "NA", "1", "1", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA", "2",
"1", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "1", "2",
"NA", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "NA", "2", "1", "2", "NA", "2", "NA", "2", "2",
"2", "2", "3", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA", "NA",
"NA", "2", "3", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA",
"2", "NA", "NA", "2", "NA", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2",
"2", "2", "NA", "NA", "NA", "NA", "2", "NA", "NA", "3", "NA",
"NA", "2", "2", "NA", "NA", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "1",
"2", "2", "NA", "3", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "3", "NA",
"NA", "2", "3", "3", "3", "NA", "2", "2", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "2", "NA", "NA", "2", "NA", "2", "2", "2", "NA",
"2", "2", "2", "2"), Reef5 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b",
"c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s",
"b", "g", "s", "b", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s",
"b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "c",
"NA", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "b", "s",
"s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c",
"NA", "s", "g", "s", "c", "s", "s", "g", "NA", "c", "NA",
"g", "g", "c", "c", "s", "b", "s", "c", "s", "s", "s", "c",
"c", "b", "c", "b", "s", "s", "g", "g", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "c", "s", "s", "c", "c", "b", "g", "s",
"s", "s", "g", "g", "b", "s", "s", "c", "s", "s", "s", "g",
"g", "g", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s",
"s", "g", "s", "s", "s", "c", "s", "NA", "NA", "c", "s",
"s", "s", "s", "c", "s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s",
"g", "s", "c", "g", "g", "g", "g", "g", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "c", "s",
"s", "s", "s", "c", "g", "s", "s", "g", "s", "c", "c", "c",
"s", "s", "s", "s", "s"), Seg6 = c("2", "10", "0", "11",
"8", "7", "7", "10", "11", "0", "6", "0", "2", "8", "2",
"NA", "1", "2", "0", "0", "0", "0", "1", "0", "0", "0", "0",
"0", "1", "0", "0", "3", "NA", "2", "4", "0", "2", "3", "0",
"0", "2", "0", "2", "2", "0", "1", "1", "5", "0", "3", "0",
"3", "0", "2", "6", "3", "1", "0", "1", "4", "1", "6", "0",
"2", "2", "0", "3", "9", "5", "4", "0", "0", "0", "3", "4",
"4", "1", "1", "0", "0", "5", "7", "4"), Topo6 = c("2", "2",
"c", "NA", "NA", "s", "g", "s", "c", "s", "s", "g", "NA",
"2", "2", "2", "NA", "1", "2", "1", "1", "2", "1", "2", "2",
"1", "NA", "2", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "NA", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "NA", "2",
"2", "NA", "NA", "NA", "NA", "1", "1", "1", "1", "2", "NA",
"NA", "NA", "3", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "NA", "2", "NA",
"NA", "1", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "NA", "2", "2",
"2", "2", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "3", "NA", "2", "1",
"2", "3", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "NA", "NA",
"2", "NA", "NA", "3", "NA", "2", "NA", "NA", "3", "3", "2",
"2"), Reef8 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b", "c", "s", "s",
"s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s", "b", "g", "s",
"b", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "b", "c", "s",
"s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "b", "NA", "b", "s",
"s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "b", "s", "s", "g", "c",
"s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c", "c", "s", "c",
"b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c", "s", "c", "s",
"s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g", "s", "s", "g",
"c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "NA", "s", "g", "s",
"s", "c", "b", "s", "c", "s", "g", "g", "c", "b", "s", "s",
"c", "b", "s", "s", "c", "s", "c", "b", "b", "s", "c", "b",
"s", "c", "b", "c", "s", "NA", "c", "s", "g", "c", "NA",
"c", "c", "c", "c", "c", "s", "s", "c", "NA", "NA", "s",
"g", "s", "c", "s", "s", "g", "NA", "c", "NA", "g", "g",
"c", "c", "s", "b", "s", "c", "s", "s", "s", "c", "c", "b",
"c", "b", "s", "s", "g", "g", "s", "c", "s", "s", "s", "s",
"s", "c", "c", "s", "s", "c", "c", "b", "g", "s", "s", "s",
"g", "g", "b", "s", "s", "c", "s", "s", "s", "g", "g", "NA",
"s", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "c", "NA", "s", "s", "g",
"NA", "s", "s", "c", "s", "NA", "NA", "c", "NA", "s", "s",
"s", "c", "s", "s", "c", "s", "NA", "s", "s", "s", "g", "s",
"NA", "g", "g", "g", "g", "g", "g", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "NA", "s", "s", "NA", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s",
"s", "s", "c", "g", "s", "c", "g", "s", "c", "c", "s", "s",
"s", "s", "s", "s"), Seg9 = c("0", "3", "5", "15", "3", "13",
"11", "19", "2", "1", "11", "3", "3", "10", "9", "13", "1",
"13", "9", "2", "7", "6", "6", "6", "3", "0", "4", "6", "28",
"6", "2", "11", "0", "5", "7", "15", "6", "3", "8", "0",
"7", "11", "NA", "NA", "1", "6", "4", "3", "4", "11", "NA",
"5", "18", "5", "11", "NA", "0", "NA", "20", "6", "0", "5",
"4", "9", "2", "0", "3", "3", "2", "3", "0", "2", "5", "5",
"12", "15", "3", "17", "0", "9", "8", "4", "8", "1", "8",
"0", "0", "7", "2", "5", "10", "10", "8", "4", "0", "5",
"0", "3", "12", "7", "12", "NA", "11", "13", "14", "0", "15",
"5", "4", "12", "6", "14", "18", "11", "5", "0", "9", "0",
"3", "15", "2", "10", "8", "9", "0", "1", "9", "14", "0",
"10", "11", "4", "8", "2", "NA", "3", "1", "1", "2", "NA",
"4", "2", "2", "3", "0", "4", "6", "2", "NA", "NA", "4",
"9", "11", "17", "0", "18", "0", "NA", "NA", "NA", "4", "7",
"0", "1", "NA", "0", "0", "0", "2", "2", "NA", "0", "1",
"0", "0", "0", "0", "0", "0", "2", "4", "1", "12", "1", "8",
"0", "6", "7", "2", "6", "0", "0", "1", "0", "8", "7", "0",
"5", "0", "1", "0", "1", "0", "2", "0", "0", "5", "0", "0",
"NA", "1", "0", "0", "1", "0", "2", "1", "2", "NA", "0",
"0", "2", "NA", "3", "2", "0", "3", "NA", "NA", "1", "NA",
"3", "6", "NA", "2", "1", "0", "2", "0", "NA", "0", "2",
"0", "5", "1", "NA", "2", "0", "0", "0", "1", "0", "2", "NA",
"0", "0", "0", "0", "NA", "2", "1", "NA", "7", "0", "2",
"0", "5", "2", "2", "2", "0", "0", "3", "3", "5", "2", "2",
"3", "2", "5", "0", "2", "1", "NA", "0", "0", "1", "1", "0",
"2", "0", "0", "0", "1", "3", "4"), Topo9 = structure(c(4L,
2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L, 4L, 3L, 2L,
1L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 4L,
2L, 2L, 2L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 4L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L,
2L, 3L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 3L, 1L, 4L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 4L, 1L, 4L, 2L, 2L, 3L,
2L, 2L, 2L, 4L, 1L, 2L, 1L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 4L, 2L,
2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 2L,
2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 1L, 4L, 1L, 4L, 4L,
4L, 4L, 3L, 2L, 4L, 4L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 2L, 1L,
1L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 2L, 4L, 2L, 3L,
4L, 2L, 4L, 2L, 4L, 2L, 4L, 2L, 4L, 4L, 2L, 4L, 4L, 4L, 3L,
4L, 4L, 2L, 4L, 2L, 2L, 3L, 4L, 4L, 4L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L,
2L, 4L, 4L, 2L, 4L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 4L, 2L, 4L, 4L, 4L,
2L, 4L, 2L, 2L, 4L, 3L, 4L, 4L, 4L, 2L, 4L, 2L, 4L, 4L, 2L,
4L, 4L, 4L, 2L, 2L, 4L, 2L, 4L, 2L, 4L, 2L, 2L, 3L, 2L, 4L,
4L, 3L, 2L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 4L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L,
3L, 3L, 4L, 2L, 4L, 4L, 2L, 3L, 2L, 2L), levels = c("1",
"2", "3", "NA"), class = "factor"), Reef9 = c("b", "g", "g",
"s", "c", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b",
"c", "b", "s", "b", "g", "s", "b", "c", "g", "c", "c", "c",
"s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c", "s",
"s", "s", "b", "NA", "NA", "s", "s", "s", "s", "s", "c",
"g", "g", "b", "s", "s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b",
"g", "s", "s", "c", "c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s",
"g", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "g", "g", "s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "NA", "s", "g", "s", "s", "c", "b", "s", "c",
"g", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "c", "s", "s",
"c", "c", "b", "g", "s", "s", "s", "g", "g", "b", "s", "s",
"c", "s", "s", "s", "g", "g", "NA", "s", "s", "s", "s", "s",
"c", "s", "c", "NA", "s", "s", "g", "NA", "s", "s", "c",
"s", "NA", "NA", "c", "NA", "s", "s", "NA", "c", "s", "s",
"c", "s", "NA", "s", "s", "s", "g", "s", "NA", "g", "g",
"g", "g", "g", "g", "s", "NA", "s", "s", "s", "s", "NA",
"s", "s", "NA", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "c",
"NA", "s", "c", "g", "s", "c", "c", "s", "s", "s", "s", "s",
"s"), Duration = c(3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 1, 0.111111111111111, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 0.0555555555555556,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 0.0555555555555556,
3, 3, 3, 3, 0.0555555555555556, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 0.0277777777777778,
3, 0.0972222222222222, 3, 3, 0.111111111111111, 3, 3, 3,
3, 3, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 0.0694444444444444, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 0.111111111111111, 3, 3, 3, 3, 2, 3, 3, 0.0972222222222222,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 0.111111111111111, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3), Tot = c(19, 49, 44, 116, 52, 87, 83, 138, 66, 52, 57, 23, 20, 0, 25, 0, 22, 5, 18, 27, 30, 12, 0, 29, 38, 18, 34,
9, 20, 15, 25, 30, 37, 31, 10, 13, 11, 1, 14, 21, 28, 24,
2, 4, 27, 39, 37, 38), Rate = c(0.105555555555556, 0.272222222222222,
0.244444444444444, 0.644444444444444, 0.288888888888889,
0.05, 0.127777777777778, 0.111111111111111, 0, 0.138888888888889,
0, 0.122222222222222, 0.0277777777777778, 0.1, 0.15, 0.166666666666667,
0.0666666666666667, 0, 0.161111111111111, 0.211111111111111,
0.1, 0.188888888888889, 0.05, 0.111111111111111, 0.0833333333333333,
0.138888888888889, 0.166666666666667, 0.205555555555556,
0.172222222222222, 0.0555555555555556, 0.08125, 0.0611111111111111,
0.00555555555555556, 0.0777777777777778, 0.116666666666667,
0.155555555555556, 0.133333333333333, 0.0111111111111111,
0.0222222222222222, 0.15, 0.216666666666667, 0.205555555555556,
0.211111111111111)), row.names = c(NA, -296L), na.action = structure(c(143 = 143L,
150 = 150L, 151 = 151L), class = "omit"), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"))

Mailys · April 5, 2023, 7:43pm

I had to remove a bunch in the middle cause it was too long for the forum

jrkrideau · April 5, 2023, 8:12pm

I do not think you can do that and still have usable data. At least, I cannot read it in.

Try reducing the size by doing

dput(head(mydata, 100))

and pasting that.

From the output you posted, it looks like some of your variables, probably numeric, were accidentally converted to "character" .

Mailys · April 5, 2023, 8:21pm

This is what I get:

dput(head(fish, 100))
structure(list(Date = structure(c(1653177600, 1653264000, 1653264000,
1653264000, 1653264000, 1653264000, 1653264000, 1653264000, 1653264000,
1653350400, 1653350400, 1653436800, 1653436800, 1653436800, 1653436800,
1653436800, 1653436800, 1653523200, 1653523200, 1653609600, 1653696000,
1653696000, 1653782400, 1653782400, 1653782400, 1653868800, 1653868800,
1653868800, 1653868800, 1653868800, 1653955200, 1653955200, 1653955200,
1653955200, 1653955200, 1653955200, 1653955200, 1654041600, 1654041600,
1654041600, 1654041600, 1654128000, 1654128000, 1654128000, 1654128000,
1654214400, 1654214400, 1654214400, 1654214400, 1653004800, 1653091200,
1653091200, 1653177600, 1653177600, 1653177600, 1653177600, 1653177600,
1653177600, 1653264000, 1653350400, 1653350400, 1653350400, 1653091200,
1653177600, 1653264000, 1653264000, 1653350400, 1653350400, 1653436800,
1653436800, 1653523200, 1653523200, 1653609600, 1653609600, 1653609600,
1653609600, 1653696000, 1653696000, 1653782400, 1653868800, 1653868800,
1653868800, 1653955200, 1653955200, 1653955200, 1654041600, 1654041600,
1654041600, 1654041600, 1654041600, 1654041600, 1654128000, 1654128000,
1654128000, 1654128000, 1654128000, 1654214400, 1654214400, 1654214400,
1654214400), tzone = "UTC", class = c("POSIXct", "POSIXt")),
Species = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L), levels = c("p", "q", "s"), class = "factor"), Phase = c("i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i", "i",
"i", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t",
"t", "t", "t"), Size = c(35, 40, 35, 35, 45, 35, 30, 35,
40, 35, 30, 35, 30, 30, 30, 30, 35, 35, 35, 40, 35, 30, 30,
30, 35, 35, 30, 40, 35, 35, 30, 35, 35, 35, 40, 40, 30, 35,
40, 40, 50, 35, 35, 40, 35, 35, 35, 35, 40, 25, 35, 35, 30,
35, 30, 35, 35, 35, 35, 30, 30, 30, 35, 40, 45, 50, 40, 45,
40, 45, 40, 45, 45, 45, 45, 45, 40, 45, 45, 35, 35, 40, 40,
45, 45, 40, 40, 40, 50, 45, 45, 50, 50, 45, 40, 45, 45, 45,
45, 45), Seg1 = c(3, 8, 0, 12, 10, 10, 18, 21, 10, 8, 2,
3, 7, 10, 7, 2, 0, 7, 11, 11, 9, 6, 5, 9, 2, 2, 0, 10, 10,
12, 4, 0, 2, 7, 9, 0, 9, 14, 14, 12, 10, 4, 7, 3, 13, 1,
0, 15, 7, 14, 4, 7, 14, 11, 15, 12, 6, 4, 14, 8, 4, 4, 5,
5, 3, 8, 11, 0, 3, 3, 9, 4, 4, 4, 7, 0, 6, 9, 13, 8, 2, 8,
4, 4, 7, 0, 4, 7, 7, 2, 20, 4, 0, 1, 10, 10, 0, 3, 7, 5),
Topo1 = c("2", "1", "NA", "2", "1", "1", "2", "1", "1", "1",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "1", "2",
"2", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "1", "NA", "2",
"2", "1", "NA", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "2", "1",
"1", "NA", "2", "1", "3", "3", "2", "2", "2", "2", "1", "NA",
"2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "3", "NA", "2",
"3", "2", "2", "2", "2", "1", "NA", "2", "2", "2", "2", "1",
"2", "2", "2", "2", "NA", "3", "2", "2", "1", "2", "2", "NA",
"2", "2", "2", "NA", "2", "1", "2"), Reef1 = c("b", "g",
"g", "s", "c", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b",
"b", "c", "b", "s", "b", "g", "s", "c", "c", "g", "c", "c",
"c", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "c",
"s", "s", "s", "c", "c", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c",
"g", "g", "c", "s", "s", "g", "c", "s", "c", "c", "c", "b",
"g", "s", "s", "c", "c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s",
"g", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "g", "g", "s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s",
"s", "s"), Seg2 = c("2", "3", "5", "10", "12", "14", "14",
"12", "10", "3", "15", "6", "2", "11", "0", "3", "9", "4",
"13", "2", "5", "3", "12", "5", "2", "7", "0", "2", "7",
"8", "8", "5", "19", "8", "9", "11", "7", "6", "11", "5",
"9", "0", "11", "9", "13", "6", "1", "14", "9", "11", "NA",
"15", "4", "1", "6", "13", "2", "1", "7", "1", "10", "11",
"9", "14", "4", "0", "3", "0", "3", "5", "1", "5", "1", "0",
"5", "17", "7", "0", "7", "9", "12", "12", "10", "0", "13",
"0", "8", "0", "3", "1", "10", "7", "0", "7", "12", "0",
"0", "8", "14", "0"), Topo2 = c("2", "2", "3", "2", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "2", "NA", "2", "2",
"1", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "NA", "2", "1",
"1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"NA", "2", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "3", "NA", "2",
"2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"1", "NA", "2", "NA", "2", "1", "2", "1", "2", "NA", "2",
"1", "2", "NA", "3", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "NA",
"3", "NA", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "2", "NA", "NA",
"2", "2", "NA"), Reef2 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b",
"c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s",
"b", "g", "s", "c", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s",
"b", "c", "s", "s", "s", "s", "c", "c", "s", "s", "s", "c",
"c", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "c", "s",
"s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c",
"c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g",
"s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg3 = c("0",
"4", "6", "12", "8", "14", "4", "18", "4", "9", "3", "0",
"7", "7", "7", "15", "10", "10", "3", "0", "5", "0", "5",
"2", "1", "2", "4", "2", "9", "13", "2", "6", "5", "8", "10",
"9", "5", "6", "6", "13", "13", "5", "7", "13", "3", "10",
"3", "5", "8", "0", "NA", "12", "5", "8", "12", "0", "4",
"1", "9", "0", "18", "7", "15", "2", "9", "8", "3", "0",
"3", "4", "0", "6", "10", "1", "1", "9", "16", "12", "14",
"4", "7", "10", "0", "5", "11", "1", "14", "13", "10", "2",
"10", "2", "0", "3", "4", "8", "3", "6", "0", "1"), Topo3 = c("NA",
"2", "1", "2", "1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "NA", "2",
"2", "1", "3", "2", "2", "3", "NA", "2", "NA", "1", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "2",
"2", "NA", "NA", "3", "2", "2", "2", "3", "2", "2", "2",
"NA", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "2",
"NA", "1", "2", "1", "2", "1", "2", "2", "3", "2", "1", "2",
"NA", "2", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "3", "NA",
"2", "2", "2", "2", "2", "NA", "2"), Reef3 = c("b", "g",
"g", "s", "c", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b",
"b", "c", "b", "s", "b", "g", "s", "c", "c", "g", "c", "c",
"c", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c",
"s", "s", "s", "c", "c", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c",
"g", "g", "c", "s", "s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b",
"g", "s", "s", "c", "c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s",
"g", "s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "s", "g", "g", "s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s",
"s", "s"), Seg4 = c("4", "5", "18", "14", "7", "1", "12",
"18", "8", "11", "6", "0", "4", "15", "10", "8", "1", "6",
"15", "14", "11", "3", "10", "4", "11", "1", "6", "7", "13",
"10", "3", "2", "11", "8", "3", "2", "13", "5", "9", "10",
"13", "0", "NA", "8", "9", "12", "5", "6", "9", "16", "10",
"21", "13", "7", "NA", "8", "6", "2", "1", "0", "18", "10",
"9", "3", "5", "0", "10", "12", "3", "2", "9", "5", "0",
"7", "4", "1", "0", "10", "9", "6", "10", "2", "8", "7",
"5", "10", "2", "13", "7", "10", "13", "9", "3", "1", "0",
"21", "4", "6", "0", "0"), Topo4 = c("2", "2", "1", "2",
"1", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "1", "3",
"2", "2", "3", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "NA", "NA", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "3", "3",
"3", "2", "2", "NA", "1", "2", "2", "2", "NA", "2", "2",
"2", "2", "2", "NA", "2", "1", "2", "2", "1", "1", "NA",
"2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2",
"2", "NA", "NA"), Reef4 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b",
"c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s",
"b", "g", "s", "c", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s",
"b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "c",
"NA", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "b", "s",
"s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c",
"c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c",
"s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g",
"s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg5 = c("2",
"5", "3", "18", "3", "14", "5", "18", "12", "7", "4", "0",
"3", "13", "13", "13", "12", "10", "7", "5", "5", "7", "12",
"3", "4", "15", "9", "8", "21", "14", "3", "2", "3", "0",
"4", "11", "13", "10", "6", "13", "8", "5", "NA", "0", "16",
"8", "11", "11", "3", "0", "11", "3", "7", "12", "7", "22",
"3", "NA", "12", "0", "11", "0", "1", "2", "1", "3", "6",
"0", "8", "9", "4", "1", "6", "11", "8", "9", "9", "8", "4",
"5", "4", "4", "12", "0", "4", "3", "0", "13", "0", "0",
"2", "14", "0", "1", "0", "2", "5", "3", "4", "8"), Topo5 = c("2",
"2", "1", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "NA", "2",
"2", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "NA", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "1", "2", "1", "2",
"2", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "1", "1", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "2", "1",
"2", "2", "2", "1", "3", "2", "1", "2", "1", "2", "2", "NA",
"2", "3", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "2", "NA", "2", "NA",
"2", "2", "2", "2", "2"), Reef5 = c("b", "g", "g", "s", "c",
"b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b",
"s", "b", "g", "s", "b", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s",
"s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s",
"c", "NA", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "b",
"s", "s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s",
"c", "c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s",
"c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g",
"g", "s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg6 = c("2",
"10", "0", "11", "8", "7", "7", "10", "11", "0", "6", "0",
"2", "8", "2", "13", "12", "12", "11", "0", "5", "6", "6",
"14", "9", "4", "10", "17", "18", "7", "3", "0", "13", "1",
"5", "6", "18", "5", "0", "10", "0", "6", "NA", "1", "2",
"1", "2", "8", "1", "12", "NA", "NA", "5", "10", "15", "NA",
"4", "NA", "2", "2", "5", "13", "4", "8", "3", "0", "1",
"6", "10", "6", "10", "6", "9", "8", "14", "2", "15", "6",
"8", "2", "13", "8", "0", "5", "10", "14", "0", "14", "3",
"6", "11", "0", "1", "0", "6", "6", "7", "8", "0", "0"),
Topo6 = c("2", "2", "1", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "NA",
"2", "NA", "2", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "NA", "2",
"1", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "NA", "2",
"2", "1", "2", "2", "2", "NA", "2", "NA", "2", "NA", "2",
"1", "2", "1", "2", "2", "2", "NA", "NA", "2", "2", "2",
"NA", "1", "NA", "2", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "NA",
"2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "3", "2",
"1", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "3", "NA", "2", "2",
"2", "2", "NA", "NA", "NA", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA"
), Reef6 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b", "c", "s", "s",
"s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s", "b", "g", "s",
"b", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "b", "c", "s",
"s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "NA", "b", "s",
"s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "b", "s", "s", "g", "c",
"s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c", "c", "s", "c",
"b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c", "s", "c", "s",
"s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g", "s", "s", "g",
"c", "s", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg7 = c("5", "4", "6",
"8", "1", "10", "7", "9", "1", "3", "4", "0", "10", "8",
"1", "3", "10", "7", "10", "0", "1", "8", "0", "4", "3",
"13", "7", "9", "15", "13", "2", "1", "21", "2", "3", "12",
"11", "1", "3", "10", "10", "10", "NA", "0", "10", "12",
"14", "3", "19", "17", "14", "6", "9", "9", "NA", "NA", "3",
"NA", "4", "5", "3", "2", "6", "6", "10", "9", "2", "0",
"6", "4", "8", "5", "3", "3", "13", "0", "1", "1", "7", "6",
"6", "5", "9", "11", "4", "2", "2", "16", "5", "3", "9",
"2", "2", "0", "12", "13", "5", "0", "3", "12"), Topo7 = c("2",
"2", "1", "2", "2", "1", "1", "2", "2", "1", "2", "NA", "2",
"2", "1", "1", "2", "1", "2", "NA", "2", "1", "NA", "1",
"2", "1", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA", "1", "2", "1",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "NA", "NA", "1", "NA",
"1", "1", "1", "2", "3", "2", "2", "1", "2", "NA", "2", "2",
"2", "3", "2", "1", "2", "NA", "2", "2", "2", "2", "1", "2",
"2", "2", "2", "3", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA",
"2", "2", "NA", "NA", "2", "2"), Reef7 = c("b", "g", "g",
"s", "c", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b",
"c", "b", "s", "b", "g", "s", "b", "c", "g", "c", "c", "c",
"s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c", "s",
"s", "s", "b", "NA", "b", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g",
"g", "b", "s", "s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b", "g",
"s", "s", "c", "c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s", "g",
"s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "g", "g", "s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s", "s",
"s"), Seg8 = c("1", "7", "1", "16", "0", "4", "5", "13",
"8", "10", "6", "5", "1", "4", "5", "8", "2", "9", "10",
"0", "7", "0", "3", "2", "6", "10", "7", "12", "13", "2",
"2", "4", "8", "5", "17", "6", "10", "0", "6", "6", "8",
"8", "NA", "1", "10", "5", "3", "14", "0", "16", "NA", "13",
"9", "5", "12", "NA", "1", "NA", "18", "3", "0", "3", "9",
"3", "5", "0", "6", "4", "0", "5", "0", "0", "3", "8", "5",
"8", "6", "7", "13", "9", "2", "2", "5", "6", "0", "0", "4",
"4", "3", "1", "5", "6", "2", "2", "20", "2", "0", "0", "3",
"19"), Topo8 = c("2", "2", "1", "1", "2", "1", "1", "1",
"1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "2", "2", "NA",
"2", "NA", "2", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "1", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "NA", "2", "2", "1", "2", "NA",
"2", "2", "2", "1", "2", "NA", "2", "NA", "3", "2", "1",
"2", "NA", "1", "NA", "1", "1", "NA", "2", "2", "2", "1",
"NA", "2", "2", "NA", "2", "NA", "NA", "2", "1", "1", "2",
"2", "3", "2", "2", "1", "2", "2", "2", "NA", "NA", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "NA", "NA",
"2", "2"), Reef8 = c("b", "g", "g", "s", "c", "b", "c", "s",
"s", "s", "c", "b", "c", "b", "b", "c", "b", "s", "b", "g",
"s", "b", "c", "g", "c", "c", "c", "s", "s", "s", "b", "c",
"s", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "b", "NA", "b",
"s", "s", "s", "s", "s", "c", "g", "g", "b", "s", "s", "g",
"c", "s", "c", "b", "c", "b", "g", "s", "s", "c", "c", "s",
"c", "b", "s", "c", "s", "s", "g", "s", "s", "c", "s", "c",
"s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "g", "g", "s", "s",
"g", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s"), Seg9 = c("0", "3",
"5", "15", "3", "13", "11", "19", "2", "1", "11", "3", "3",
"10", "9", "13", "1", "13", "9", "2", "7", "6", "6", "6",
"3", "0", "4", "6", "28", "6", "2", "11", "0", "5", "7",
"15", "6", "3", "8", "0", "7", "11", "NA", "NA", "1", "6",
"4", "3", "4", "11", "NA", "5", "18", "5", "11", "NA", "0",
"NA", "20", "6", "0", "5", "4", "9", "2", "0", "3", "3",
"2", "3", "0", "2", "5", "5", "12", "15", "3", "17", "0",
"9", "8", "4", "8", "1", "8", "0", "0", "7", "2", "5", "10",
"10", "8", "4", "0", "5", "0", "3", "12", "7"), Topo9 = structure(c(4L,
2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L, 4L, 3L, 2L,
1L, 2L, 2L, 2L, 4L, 3L, 2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 4L,
2L, 2L, 2L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 4L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L,
2L, 3L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 4L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L), levels = c("1", "2",
"3", "NA"), class = "factor"), Reef9 = c("b", "g", "g", "s",
"c", "b", "c", "s", "s", "s", "c", "b", "c", "b", "b", "c",
"b", "s", "b", "g", "s", "b", "c", "g", "c", "c", "c", "s",
"s", "s", "b", "c", "s", "s", "s", "s", "b", "c", "s", "s",
"s", "b", "NA", "NA", "s", "s", "s", "s", "s", "c", "g",
"g", "b", "s", "s", "g", "c", "s", "c", "b", "c", "b", "g",
"s", "s", "c", "c", "s", "c", "b", "s", "c", "s", "s", "g",
"s", "s", "c", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "s", "s",
"s", "g", "g", "s", "s", "g", "c", "s", "s", "s", "s", "s",
"s"), Duration = c(3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 1, 0.111111111111111, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3), Tot = c(19,
49, 44, 116, 52, 87, 83, 138, 66, 52, 57, 17, 39, 86, 54,
78, 57, 78, 89, 34, 55, 39, 59, 49, 41, 54, 47, 73, 134,
85, 29, 31, 82, 44, 67, 72, 92, 50, 63, 79, 78, 49, 25, 35,
77, 61, 43, 79, 60, 97, 39, 82, 84, 68, 78, 55, 29, 8, 87,
25, 69, 55, 62, 52, 42, 28, 45, 25, 38, 41, 41, 34, 41, 47,
69, 61, 63, 70, 75, 58, 64, 55, 56, 39, 62, 30, 34, 87, 40,
30, 90, 54, 16, 19, 64, 67, 24, 37, 43, 52), Rate = c(0.105555555555556,
0.272222222222222, 0.244444444444444, 0.644444444444444,
0.288888888888889, 0.483333333333333, 0.461111111111111,
0.766666666666667, 0.366666666666667, 0.288888888888889,
0.316666666666667, 0.0944444444444444, 0.216666666666667,
0.477777777777778, 0.3, 0.433333333333333, 0.316666666666667,
0.433333333333333, 0.494444444444444, 0.188888888888889,
0.305555555555556, 0.216666666666667, 0.327777777777778,
0.272222222222222, 0.227777777777778, 0.3, 0.261111111111111,
0.405555555555556, 0.744444444444444, 0.472222222222222,
0.161111111111111, 0.172222222222222, 0.455555555555556,
0.244444444444444, 0.372222222222222, 0.4, 0.511111111111111,
0.277777777777778, 0.35, 0.438888888888889, 0.433333333333333,
0.272222222222222, 0.416666666666667, 0.21875, 0.427777777777778,
0.338888888888889, 0.238888888888889, 0.438888888888889,
0.333333333333333, 0.538888888888889, 0.216666666666667,
0.455555555555556, 0.466666666666667, 0.377777777777778,
0.433333333333333, 0.305555555555556, 0.161111111111111,
0.0444444444444444, 0.483333333333333, 0.138888888888889,
0.383333333333333, 0.305555555555556, 0.344444444444444,
0.288888888888889, 0.233333333333333, 0.155555555555556,
0.25, 0.138888888888889, 0.211111111111111, 0.227777777777778,
0.227777777777778, 0.188888888888889, 0.227777777777778,
0.261111111111111, 0.383333333333333, 0.338888888888889,
0.35, 0.388888888888889, 0.416666666666667, 0.322222222222222,
0.355555555555556, 0.305555555555556, 0.311111111111111,
0.216666666666667, 0.344444444444444, 0.166666666666667,
0.188888888888889, 0.483333333333333, 0.222222222222222,
0.166666666666667, 0.5, 0.3, 0.0888888888888889, 0.105555555555556,
0.355555555555556, 0.372222222222222, 0.133333333333333,
0.205555555555556, 0.238888888888889, 0.288888888888889)), row.names = c(NA,
-100L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), na.action = structure(c(143 = 143L,
150 = 150L, 151 = 151L), class = "omit"))

jrkrideau · April 5, 2023, 9:33pm

The output looks good but I am having a problem reading it.

I am getting an error:

                                              -100L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), na.action = structure(c(143 = 143L,
Error: unexpected '=' in "                                                                                                                                                                                -100L), class = "

and I have no idea why.

I can remove

, na.action = structure(c(143 = 143L,
150 = 150L, 151 = 151L), class = "omit")

and I get a nice tibble but I have no idea what that does to your data.

str(dat1) gives me

tibble [100 × 34] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
 $ Date    : POSIXct[1:100], format: "2022-05-22" "2022-05-23" "2022-05-23" "2022-05-23" ...
 $ Species : Factor w/ 3 levels "p","q","s": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Phase   : chr [1:100] "i" "i" "i" "i" ...
 $ Size    : num [1:100] 35 40 35 35 45 35 30 35 40 35 ...
 $ Seg1    : num [1:100] 3 8 0 12 10 10 18 21 10 8 ...
 $ Topo1   : chr [1:100] "2" "1" "NA" "2" ...
 $ Reef1   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg2    : chr [1:100] "2" "3" "5" "10" ...
 $ Topo2   : chr [1:100] "2" "2" "3" "2" ...
 $ Reef2   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg3    : chr [1:100] "0" "4" "6" "12" ...
 $ Topo3   : chr [1:100] "NA" "2" "1" "2" ...
 $ Reef3   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg4    : chr [1:100] "4" "5" "18" "14" ...
 $ Topo4   : chr [1:100] "2" "2" "1" "2" ...
 $ Reef4   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg5    : chr [1:100] "2" "5" "3" "18" ...
 $ Topo5   : chr [1:100] "2" "2" "1" "2" ...
 $ Reef5   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg6    : chr [1:100] "2" "10" "0" "11" ...
 $ Topo6   : chr [1:100] "2" "2" "1" "2" ...
 $ Reef6   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg7    : chr [1:100] "5" "4" "6" "8" ...
 $ Topo7   : chr [1:100] "2" "2" "1" "2" ...
 $ Reef7   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg8    : chr [1:100] "1" "7" "1" "16" ...
 $ Topo8   : chr [1:100] "2" "2" "1" "1" ...
 $ Reef8   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Seg9    : chr [1:100] "0" "3" "5" "15" ...
 $ Topo9   : Factor w/ 4 levels "1","2","3","NA": 4 2 1 2 2 1 1 2 2 2 ...
 $ Reef9   : chr [1:100] "b" "g" "g" "s" ...
 $ Duration: num [1:100] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
 $ Tot     : num [1:100] 19 49 44 116 52 87 83 138 66 52 ...
 $ Rate    : num [1:100] 0.106 0.272 0.244 0.644 0.289 ...

I hope someone with a better grasp of data structures can help here.

Matthias · April 6, 2023, 7:47am

Same here, after removing

, na.action = structure(c(143 = 143L,
150 = 150L, 151 = 151L), class = "omit")

it can be imported.
With this you can convert all the literal "NA" with true NA using

fish2 = fish %>% 
  mutate(across(Topo1:Reef9, ~na_if(., "NA")))

However, where do you get your data from? Import this from another source, e.g. Excel or csv file?
Does this include the NAs already?
In this case you can define a "NA" to be a NA already during importing.

Mailys · April 6, 2023, 4:59pm

Hey, I am importing the data from an excel file with read_excel. It does already include the NAs. How do I directly convert them?

EconProf · April 6, 2023, 5:45pm

I think this will work:

fish <- read_excel("C:\Users\Mailys\Documents\Honours\fish.xlsx", na = "NA")

Mailys · April 8, 2023, 12:55am

this unfortunately still includes the NA values:(

EconProf · April 8, 2023, 4:38am

This should convert from character "NA" to true NA, which will allow you to remove them.

Mailys · April 8, 2023, 5:16pm

This finally worked! Thank you so much

system · April 15, 2023, 5:17pm

This topic was automatically closed 7 days after the last reply. New replies are no longer allowed.

If you have a query related to it or one of the replies, start a new topic and refer back with a link.

Cannot remove NA values on ggplot

Species 2 2.763 1.3813 93.024 < 2e-16 *** Topo9 3 0.668 0.2227 14.995 4.36e-09 *** Species:Topo9 6 0.091 0.0151 1.017 0.414 Residuals 284 4.217 0.0148

Species 2 2.763 1.3813 93.024 < 2e-16 *
Topo9 3 0.668 0.2227 14.995 4.36e-09 *
Species:Topo9 6 0.091 0.0151 1.017 0.414
Residuals 284 4.217 0.0148