Primeiro eu analisei 24 espécies, algumas tem mais de uma amostra ou não, investigando os compostos químicos que estavam presentes neles, eu precisava saber de uma analise que me mostrasse qual composto está presente em todas as espécies, qual composto está presente só em tal espécie, qual composto é compartilhado por espécie x e Y, por exemplo.
Andei procurando sobre a analise Indval, não sei se é a mais indicada, se tiver uma que me traga informações melhores, agradeço. Também preciso saber como essas espécies se agrupam, mas para isso imagino que Cluster resolva e sei rodar tranquilamente.
encontrei faltando informações, comecei arrumar, parece que foi copiado do console
Por que inicia assim:
-library(labdsv)
-library(indicspecies) ...
ai dava erros, como eu já tinha usado o R com outros métodos, lembrei que precisa baixar os pacotes primeiro e comecei a arrumar, conforme abaixo:
install.packages('labdsv')
library(labdsv)
install.packages ('indicspecies')
library(indicspecies)
agora abaixo como não tem explicação nenhuma não estou sabendo como refazer para com meus dados, além disso não sei como organizar minha planilha, eu tenho na coluna 1 as espécies (cerca de 24 espécies) e nas demais 2, 3, 4 ... 57 são os compostos quimicos presente nessas espécies, eu posso deixar dessa maneira, posso deixar todos os compostos ou preciso organizar por classe de compostos e fazer média desses, ou preciso apagar os valores brutos e deixar entre 1 e 0 para presente ou ausente (pergunto isso, pois no forum que vi estava assim, mas é de outro assunto), abaixo segue a continuação do script, se conseguirem me orientar
set.seed(123) # não sei o que é esse 123
agrupamento <- factor(rep(c("Conservado","Pertubado"),each=15))
n_amostras<-30 # aqui coloco número de compostos quimicos ?
n_sp<-6 # aqui coloco numero de espécies, ou no caso número de amostras (no caso de mais de uma amostra por espécie eu preciso fazer média desta, para deixar uma amostra pra cada espécie?
sp1<-rpois(n_amostras,1) #o que seria esse valor 1 e 0,5 abaixo
sp2<-rpois(n_amostras,0.5)
sp3<-rpois(n_amostras,(as.numeric(agrupamento)-1)2) #não entendi o que seria esses números na frente e abaixo parece que repete o comando para cada espécie e parece multiplicar os valor a frente
sp4<-rpois(n_amostras,(as.numeric(agrupamento)-0.65))
sp5<-rpois(n_amostras,(as.numeric(agrupamento)-2)-2)
sp6<-rpois(n_amostras,rev(as.numeric(agrupamento)-0.65))
comunidade<- as.data.frame(matrix(c(sp1,sp2,sp3,sp4,sp5,sp6),ncol=n_sp,nrow=n_amostras,byrow=F, dimnames=list(paste("Local",1:n_amostras),paste("Sp",1:n_sp))))
comunidade #comunidade é pasta que esta minha planilha?
dis.comunidade <- dsvdis(comunidade,'bray/curtis')
cluster<-hclust(dis.comunidade,method="complete")
jpeg("01.jpg")
plot(cluster)
dev.off()
jpeg("02.jpg")
plot(cluster,labels=agrupamento)
dev.off()
pca_comunidade<-princomp(comunidade)
jpeg("03.jpg")
plot(pca_comunidade$scores[,1],pca_comunidade$scores[,2],type="n",xlab="Eixo 1",ylab="Eixo2",frame=F)
text(pca_comunidade$scores[,1],spca_comunidade$scores[,2],agrupamento)
abline(v=0,col="red",lty=3,lwd=2)
dev.off()
jpeg("04.jpg")
biplot(pca_comunidade)
dev.off()
agrupamento
indval(comunidade,agrupamento)
indval <- multipatt(comunidade, agrupamento,control = how(nperm=5000))
summary(indval)
pelo que eu entendi, parece que eu tenho que rodar uma cluster, depois um PCA e depois a Indval para comparar?
Obrigada pelas orientações.