PCA - Extract variables falling below a certain threshold from the Communalities table

Hello,

See below how to filter the Communalities table. If you have more questions or so let us know :slight_smile:

#install.packages("EFA.dimensions")

library(EFA.dimensions)
library(tidyverse)


output <- 
  EFA.dimensions::PCA(EFA.dimensions::data_Field, corkind='pearson', Nfactors=11, Ncases=NULL)
#> 
#> 
#> Principal Components Analysis
#> 
#> Specified kind of correlations for this analysis: Pearson
#> 
#> The specified number of factors to extract = 11
#> 
#> Communalities:
#>     Initial Extraction
#> Q01       1       0.68
#> Q02       1       0.86
#> Q03       1       0.60
#> Q04       1       0.55
#> Q05       1       0.72
#> Q06       1       0.70
#> Q07       1       0.68
#> Q08       1       0.79
#> Q09       1       0.76
#> Q10       1       0.89
#> Q11       1       0.77
#> Q12       1       0.60
#> Q13       1       0.71
#> Q14       1       0.56
#> Q15       1       0.85
#> Q16       1       0.71
#> Q17       1       0.70
#> Q18       1       0.66
#> Q19       1       0.95
#> Q20       1       0.86
#> Q21       1       0.70
#> Q22       1       0.95
#> Q23       1       0.95
#> 
#> 
#> Total Variance Explained (Initial Eigenvalues):
#>              Eigenvalues    Proportion of Variance    Cumulative Prop. Variance
#> Factor 1            7.29                      0.32                         0.32
#> Factor 2            1.74                      0.08                         0.39
#> Factor 3            1.32                      0.06                         0.45
#> Factor 4            1.23                      0.05                         0.50
#> Factor 5            0.99                      0.04                         0.55
#> Factor 6            0.90                      0.04                         0.59
#> Factor 7            0.81                      0.04                         0.62
#> Factor 8            0.78                      0.03                         0.65
#> Factor 9            0.75                      0.03                         0.69
#> Factor 10           0.72                      0.03                         0.72
#> Factor 11           0.68                      0.03                         0.75
#> Factor 12           0.67                      0.03                         0.78
#> Factor 13           0.61                      0.03                         0.80
#> Factor 14           0.58                      0.03                         0.83
#> Factor 15           0.55                      0.02                         0.85
#> Factor 16           0.52                      0.02                         0.88
#> Factor 17           0.51                      0.02                         0.90
#> Factor 18           0.46                      0.02                         0.92
#> Factor 19           0.42                      0.02                         0.94
#> Factor 20           0.41                      0.02                         0.95
#> Factor 21           0.38                      0.02                         0.97
#> Factor 22           0.36                      0.02                         0.99
#> Factor 23           0.33                      0.01                         1.00
#> 
#> Model Fit Coefficients:
#> 
#> RMSR = 0.048
#> 
#> GFI = 0.974
#> 
#> CAF = 0.517
#> 
#> Unrotated PCA Loadings:
#>       Factor 1   Factor 2   Factor 3   Factor 4   Factor 5   Factor 6
#> Q01       0.59      -0.18       0.22      -0.12       0.40       0.11
#> Q02      -0.30      -0.55      -0.15      -0.01       0.03       0.38
#> Q03      -0.63      -0.29      -0.21       0.07      -0.02       0.00
#> Q04       0.63      -0.14       0.15      -0.15       0.20       0.12
#> Q05       0.56      -0.10       0.07      -0.14       0.42       0.17
#> Q06       0.56      -0.10      -0.57       0.05      -0.17      -0.01
#> Q07       0.69      -0.04      -0.25      -0.10      -0.17       0.08
#> Q08       0.55      -0.40       0.32       0.42      -0.15      -0.10
#> Q09      -0.28      -0.63       0.01      -0.10      -0.17       0.27
#> Q10       0.44      -0.03      -0.36       0.10       0.34      -0.22
#> Q11       0.65      -0.25       0.21       0.40      -0.13      -0.18
#> Q12       0.67       0.05      -0.05      -0.25      -0.04       0.08
#> Q13       0.67      -0.08      -0.28       0.01      -0.13      -0.03
#> Q14       0.66      -0.02      -0.20      -0.14      -0.08       0.03
#> Q15       0.59      -0.01      -0.12       0.11       0.07      -0.29
#> Q16       0.68      -0.01       0.14      -0.08       0.32       0.00
#> Q17       0.64      -0.33       0.21       0.34      -0.10      -0.05
#> Q18       0.70      -0.03      -0.30      -0.13      -0.15       0.09
#> Q19      -0.43      -0.39      -0.10       0.01       0.15      -0.07
#> Q20       0.44       0.21       0.40      -0.30      -0.33       0.01
#> Q21       0.66       0.06       0.19      -0.28      -0.24       0.15
#> Q22      -0.30      -0.47       0.12      -0.38      -0.07      -0.12
#> Q23      -0.14      -0.37       0.02      -0.51      -0.02      -0.62
#>       Factor 7   Factor 8   Factor 9   Factor 10   Factor 11
#> Q01       0.22       0.08       0.01       -0.10       -0.11
#> Q02      -0.19       0.39       0.01       -0.12       -0.30
#> Q03      -0.01       0.05       0.20        0.10       -0.15
#> Q04       0.06      -0.11      -0.11       -0.01        0.03
#> Q05       0.06      -0.11       0.24        0.09        0.30
#> Q06       0.00      -0.05       0.00        0.00        0.13
#> Q07      -0.05      -0.03      -0.08        0.13        0.27
#> Q08       0.07       0.04       0.01       -0.05        0.09
#> Q09       0.01       0.03       0.16        0.32        0.22
#> Q10      -0.44       0.03       0.37       -0.22        0.11
#> Q11       0.01      -0.03       0.10       -0.14        0.00
#> Q12       0.14      -0.08       0.01       -0.11       -0.19
#> Q13       0.21      -0.05       0.08       -0.22       -0.24
#> Q14       0.10       0.06      -0.14        0.16       -0.08
#> Q15      -0.32       0.12      -0.27        0.41       -0.15
#> Q16      -0.12       0.14      -0.19        0.15       -0.16
#> Q17       0.02      -0.03      -0.04        0.02       -0.01
#> Q18       0.10      -0.06      -0.06       -0.12       -0.05
#> Q19      -0.05      -0.68       0.02        0.16       -0.29
#> Q20      -0.34      -0.03       0.33        0.02       -0.21
#> Q21      -0.18      -0.10       0.12        0.08        0.02
#> Q22      -0.31      -0.12      -0.41       -0.39        0.19
#> Q23       0.28       0.22       0.18        0.08        0.00
#> 
#> Promax Rotation Pattern Matrix:
#>       Factor 1   Factor 2   Factor 3   Factor 4   Factor 5   Factor 6
#> Q01      -0.07       0.08      -0.12       0.08       0.95      -0.09
#> Q02       0.04      -0.25       0.02      -0.05       0.07       0.13
#> Q03      -0.04      -0.23      -0.04      -0.06      -0.25      -0.13
#> Q04       0.11      -0.03      -0.03       0.05       0.65       0.05
#> Q05      -0.07      -0.26      -0.06      -0.06       0.95       0.00
#> Q06       0.95      -0.10      -0.19       0.00      -0.25       0.03
#> Q07       0.64      -0.24      -0.03      -0.02      -0.01       0.05
#> Q08      -0.08      -0.14      -0.04       0.90       0.05      -0.01
#> Q09       0.01      -0.83       0.04       0.10       0.06      -0.10
#> Q10       0.12       0.18       0.09       0.01       0.16      -0.01
#> Q11       0.07       0.06       0.07       0.81      -0.04      -0.01
#> Q12       0.54       0.15       0.19      -0.09       0.27      -0.04
#> Q13       0.82       0.20       0.00       0.15       0.00      -0.08
#> Q14       0.58      -0.05      -0.04      -0.09       0.10      -0.07
#> Q15       0.03       0.07       0.01       0.06      -0.13      -0.06
#> Q16      -0.14       0.12       0.02      -0.04       0.58       0.01
#> Q17       0.07      -0.09      -0.01       0.70       0.08       0.06
#> Q18       0.85       0.06      -0.02      -0.03       0.03       0.03
#> Q19      -0.01      -0.08      -0.01      -0.04       0.03       0.06
#> Q20      -0.18       0.00       1.10       0.02      -0.16      -0.04
#> Q21       0.21      -0.17       0.63      -0.01       0.07       0.06
#> Q22      -0.03       0.03      -0.05       0.01      -0.09      -0.08
#> Q23       0.01      -0.12       0.03      -0.02       0.07      -1.03
#>       Factor 7   Factor 8   Factor 9   Factor 10   Factor 11
#> Q01       0.01       0.02       0.04       -0.09       -0.15
#> Q02      -0.07       0.11      -0.09        0.01       -0.99
#> Q03      -0.08      -0.19       0.14       -0.01       -0.29
#> Q04       0.05      -0.09      -0.11        0.01        0.03
#> Q05      -0.24      -0.03       0.11       -0.17        0.15
#> Q06      -0.18       0.01       0.01        0.06        0.02
#> Q07      -0.02       0.12      -0.06        0.12        0.14
#> Q08       0.04       0.07      -0.02        0.01        0.01
#> Q09       0.14      -0.07       0.02       -0.08       -0.25
#> Q10      -0.89       0.01      -0.04        0.09       -0.09
#> Q11      -0.11       0.00       0.01       -0.02        0.07
#> Q12       0.08      -0.07       0.01       -0.11       -0.03
#> Q13      -0.04      -0.07       0.09       -0.16       -0.10
#> Q14       0.15       0.03       0.08        0.26       -0.03
#> Q15      -0.07      -0.08       0.04        0.97        0.01
#> Q16      -0.02       0.03       0.01        0.49       -0.14
#> Q17       0.06      -0.05       0.01        0.13       -0.01
#> Q18       0.02       0.00      -0.05       -0.07       -0.04
#> Q19       0.01      -1.04      -0.06        0.09        0.12
#> Q20      -0.08       0.00       0.04        0.01       -0.03
#> Q21       0.02       0.01      -0.04        0.00        0.05
#> Q22      -0.04      -0.06      -0.93       -0.06       -0.10
#> Q23      -0.01       0.06      -0.07        0.06        0.14
#> 
#> Promax Rotation Structure Matrix:
#>       Factor 1   Factor 2   Factor 3   Factor 4   Factor 5   Factor 6
#> Q01       0.42       0.24       0.33       0.42       0.77       0.03
#> Q02      -0.20      -0.26      -0.26      -0.09      -0.20      -0.15
#> Q03      -0.48      -0.31      -0.50      -0.33      -0.59      -0.35
#> Q04       0.52       0.10       0.42       0.40       0.72       0.19
#> Q05       0.41      -0.14       0.31       0.27       0.72       0.20
#> Q06       0.74      -0.06       0.15       0.28       0.28       0.18
#> Q07       0.74      -0.14       0.39       0.32       0.50       0.29
#> Q08       0.37      -0.02       0.27       0.87       0.42       0.13
#> Q09      -0.19      -0.79      -0.20      -0.04      -0.19      -0.21
#> Q10       0.38       0.10       0.17       0.23       0.31       0.12
#> Q11       0.49       0.17       0.38       0.86       0.46       0.15
#> Q12       0.68       0.31       0.55       0.31       0.61       0.11
#> Q13       0.76       0.33       0.37       0.47       0.48       0.05
#> Q14       0.70       0.10       0.38       0.31       0.53       0.13
#> Q15       0.48       0.13       0.31       0.37       0.40       0.16
#> Q16       0.48       0.25       0.44       0.38       0.73       0.20
#> Q17       0.49       0.05       0.34       0.81       0.51       0.20
#> Q18       0.81       0.18       0.41       0.35       0.53       0.19
#> Q19      -0.32      -0.21      -0.33      -0.18      -0.30      -0.19
#> Q20       0.29       0.16       0.89       0.23       0.34       0.11
#> Q21       0.58       0.00       0.78       0.33       0.57       0.26
#> Q22      -0.23      -0.21      -0.15      -0.13      -0.18      -0.25
#> Q23      -0.09      -0.12      -0.06      -0.08      -0.07      -0.94
#>       Factor 7   Factor 8   Factor 9   Factor 10   Factor 11
#> Q01       0.07       0.21       0.00        0.30        0.04
#> Q02      -0.03      -0.24      -0.14       -0.19       -0.86
#> Q03      -0.12      -0.51       0.10       -0.42       -0.52
#> Q04       0.07       0.22      -0.16        0.41        0.25
#> Q05      -0.25       0.24       0.03        0.27        0.36
#> Q06      -0.30       0.23       0.06        0.39        0.22
#> Q07      -0.11       0.43      -0.08        0.53        0.43
#> Q08       0.02       0.20      -0.04        0.33        0.12
#> Q09       0.04      -0.27      -0.17       -0.20       -0.31
#> Q10      -0.84       0.15       0.06        0.31        0.13
#> Q11      -0.11       0.22       0.05        0.37        0.20
#> Q12       0.12       0.25       0.02        0.33        0.21
#> Q13      -0.05       0.17       0.15        0.28        0.08
#> Q14       0.09       0.32       0.05        0.55        0.22
#> Q15      -0.12       0.26       0.04        0.90        0.24
#> Q16       0.03       0.34      -0.02        0.69        0.17
#> Q17       0.02       0.18      -0.01        0.46        0.15
#> Q18      -0.02       0.29      -0.01        0.39        0.22
#> Q19      -0.03      -0.95      -0.11       -0.26       -0.25
#> Q20       0.08       0.28      -0.02        0.25        0.24
#> Q21       0.07       0.37      -0.11        0.41        0.38
#> Q22       0.05      -0.24      -0.92       -0.18       -0.24
#> Q23       0.03      -0.14      -0.18       -0.09       -0.13
#> 
#> Rotation Sums of Squared Loadings:
#>  Factor 1     Factor 2     Factor 3     Factor 4     Factor 5     Factor 6    
#>      6.00         1.39         3.84         3.94         5.56         1.66    
#>  Factor 7     Factor 8     Factor 9    Factor 10    Factor 11    
#>      0.96         2.57         1.03         3.86         2.20
#> 
#> Promax Rotation Factor Correlations:
#>             Factor 1   Factor 2   Factor 3   Factor 4   Factor 5   Factor 6
#> Factor 1        1.00       0.15       0.52       0.47       0.65       0.23
#> Factor 2        0.15       1.00       0.21       0.13       0.20       0.02
#> Factor 3        0.52       0.21       1.00       0.34       0.57       0.20
#> Factor 4        0.47       0.13       0.34       1.00       0.48       0.14
#> Factor 5        0.65       0.20       0.57       0.48       1.00       0.22
#> Factor 6        0.23       0.02       0.20       0.14       0.22       1.00
#> Factor 7       -0.06       0.17       0.14      -0.01       0.04      -0.06
#> Factor 8        0.38       0.12       0.38       0.19       0.38       0.29
#> Factor 9        0.02       0.20      -0.06       0.01      -0.06       0.08
#> Factor 10       0.55       0.09       0.39       0.38       0.53       0.25
#> Factor 11       0.32       0.01       0.35       0.12       0.32       0.33
#>             Factor 7   Factor 8   Factor 9   Factor 10   Factor 11
#> Factor 1       -0.06       0.38       0.02        0.55        0.32
#> Factor 2        0.17       0.12       0.20        0.09        0.01
#> Factor 3        0.14       0.38      -0.06        0.39        0.35
#> Factor 4       -0.01       0.19       0.01        0.38        0.12
#> Factor 5        0.04       0.38      -0.06        0.53        0.32
#> Factor 6       -0.06       0.29       0.08        0.25        0.33
#> Factor 7        1.00       0.01      -0.09       -0.05       -0.08
#> Factor 8        0.01       1.00       0.04        0.38        0.40
#> Factor 9       -0.09       0.04       1.00       -0.03        0.01
#> Factor 10      -0.05       0.38      -0.03        1.00        0.31
#> Factor 11      -0.08       0.40       0.01        0.31        1.00


changed_table <- output$Communalities %>%  #pulling the correct list of lists
  as.data.frame() %>%  #convert matrix to data frame
  filter(Extraction < 0.8) #filter the table to show the right values
  


changed_table
#>     Initial Extraction
#> Q01       1  0.6835196
#> Q03       1  0.6017952
#> Q04       1  0.5519307
#> Q05       1  0.7172720
#> Q06       1  0.7008013
#> Q07       1  0.6797672
#> Q08       1  0.7865323
#> Q09       1  0.7616070
#> Q11       1  0.7725018
#> Q12       1  0.5986828
#> Q13       1  0.7138812
#> Q14       1  0.5636473
#> Q16       1  0.7077408
#> Q17       1  0.6998149
#> Q18       1  0.6635347
#> Q21       1  0.6953139

Created on 2021-09-08 by the reprex package (v2.0.0)